MySQL和DBI中的Perl错误

Question

我是生物信息学的学生，并且正在通过以下命令使用OrthoMCL工具

./orthomclLoadBlast my_orthomcl/orthomcl.config my_orthomcl/similarSequence.txt

但我得到了错误

无法连接到数据源'：mysqllocalinfile = 1'，因为我无法确定要使用的驱动程序（它似乎不包含'dbi：driver：'前缀，并且未设置DBI_DRIVER env var） /home/linux/Desktop/orthomclSoftware-v2.0.9/bin/../lib/perl/OrthoMCLEngine/Main/Base.pm第56行

DBI已经安装在我的系统中，为什么会出现此错误？ 我该如何解决？

Answer 1

您需要安装数据库驱动程序 ， DBI模块才能与数据库一起使用。 在这种情况下，您似乎需要安装DBD::mysql 。

OrthoMCL可能会省略驱动程序名称而仅使用dbi:: ，在这种情况下，您必须将环境变量DBI_DRIVER设置为mysql 。

正确的答案必须在OrthoMCL的文档中。 你看了吗？

---

更新

查看orthomclLoadBlast的源代码，似乎您的配置文件有问题。 这里的某人可能会熟悉该实用程序，但是您必须发布orthomcl.config才能获得任何有用的建议。

Answer 2

您应该使用mysql作为驱动程序：

样品：

use DBI;
$dbh = DBI->connect('dbi:mysql:DBNAME','root','password')