MySQL和DBI中的Perl錯誤

Question

我是生物信息學的學生，並且正在通過以下命令使用OrthoMCL工具

./orthomclLoadBlast my_orthomcl/orthomcl.config my_orthomcl/similarSequence.txt

但我得到了錯誤

無法連接到數據源'：mysqllocalinfile = 1'，因為我無法確定要使用的驅動程序（它似乎不包含'dbi：driver：'前綴，並且未設置DBI_DRIVER env var） /home/linux/Desktop/orthomclSoftware-v2.0.9/bin/../lib/perl/OrthoMCLEngine/Main/Base.pm第56行

DBI已經安裝在我的系統中，為什么會出現此錯誤？ 我該如何解決？

Answer 1

您需要安裝數據庫驅動程序 ， DBI模塊才能與數據庫一起使用。 在這種情況下，您似乎需要安裝DBD::mysql 。

OrthoMCL可能會省略驅動程序名稱而僅使用dbi:: ，在這種情況下，您必須將環境變量DBI_DRIVER設置為mysql 。

正確的答案必須在OrthoMCL的文檔中。 你看了嗎？

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更新

查看orthomclLoadBlast的源代碼，似乎您的配置文件有問題。 這里的某人可能會熟悉該實用程序，但是您必須發布orthomcl.config才能獲得任何有用的建議。

Answer 2

您應該使用mysql作為驅動程序：

樣品：

use DBI;
$dbh = DBI->connect('dbi:mysql:DBNAME','root','password')