在perl中解释正则表达式

Question

我正在尝试反向工程Perl脚本。 其中一行包含一个匹配的运算符，其内容为：

$line =~ /^\s*^>/ 

输入只是带有标题信息的FASTA序列。 我相信脚本正在标题中寻找特定的模式。

这是脚本应用到的文件的示例：

>mm9_refGene_NM_001252200_0 range=chr1:39958075-39958131 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ 
repeatMasking=none
ATGGCGAACGACTCTCCCGCGAAGAGCCTGGTGGACATTGACCTGTCGTC
CCTGCGG

>mm9_refGene_NM_001252200_1 range=chr1:39958354-39958419 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ 
repeatMasking=none
GACCCTGCTGGGATTTTTGAGCTGGTGGAAGTGGTTGGAAATGGCACCTA
TGGACAAGTCTATAAG

这是一个匹配的运算符，询问该行是否从一开始就包含至少大于零的空格，但是随后我失去了意义。

到目前为止，这是我解析正则表达式的方式：

从[（/ ^ ...]开始，包含至少大于零[... * ...}的空格[... \\ s ...]。

Answer 1

使用RegexBuddy （或如r3mus所说的 regex101.com ，它是免费的）：

Assert position at the beginning of the string «^»
Match a single character that is a “whitespace character” (spaces, tabs, and line breaks) «\s*»
   Between zero and unlimited times, as many times as possible, giving back as needed (greedy) «*»
Assert position at the beginning of the string «^»
Match the character “>” literally «>»

编辑：如果正则表达式实际上是错误的， Birei的答案可能更正确。

Answer 2

您必须摆脱第二个^字符。 它是一个元字符，表示一行的开始（没有特殊的标志，如/m ），但这意味着它已经由第一个开始。

字符>将在行的开头与第二个^匹配，因为初始空格是可选的（ *量词）。 因此，使用：

$line =~ /^\s*>/ 

Answer 3

使用调试器对perl脚本进行反向工程要容易得多。 “ perl -d script.pl”，或者如果您有Linux ddd：“ ddd cript.pl＆”。

对于多行正则表达式，此正则表达式匹配带空格的空行和下一个FASTA的开头。 http://www.rexfiddle.net/c6locQg