[英]Performing pairwise statistical test on rows of a matrix for each column in R
我有以下数据:
dat <- lapply(1:84, function(l) rnorm(20) )
mat <- matrix(dat, nrow=6, ncol=14)
对于每列,我现在要在行的每个成对组合之间执行配对统计检验。 什么是矢量化程度最高,因而有效的方法,以便我可以为每一列提取一个p值矩阵?
另外,显示或可视化成对的P值的最佳方法是什么? 矩阵? 如果是这样,将有36-15个冗余单元。 也许有更好的方法?
set.seed(42)
mat <- matrix(rnorm(84), nrow=6, ncol=14)
res <- combn(seq_len(ncol(mat)), 2, FUN=function(ind) {
res <- wilcox.test(mat[,ind[1]], mat[,ind[2]], paired=TRUE)$p.value
c(ind,res)
})
res <- as.data.frame(t(res))
names(res) <- c("i", "j", "p")
#adjust p-values for multiple-testing, e.g., adjusting false discovery rate
res$p <- p.adjust(res$p, method="fdr")
library(ggplot2)
ggplot(res, aes(y=i, x=j, fill=p)) + geom_tile()
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