使用变量作为R中的列名称来拟合glm

Question

我试图使用变量而不是列名称在R中使用glm() ，但它不起作用。 这可以帮助我自动生成glms。 当我使用列名称适合glm ，程序运行正常，当我用包含列名的变量交换列名时，程序给出并出错。

这是我的命令的样子：

##The data
mydata <- structure(list(var1 = c(10L, 100L, 50L, 40L, 20L, 50L, 60L, 55L, 
45L), var2 = c(1.5, 1.2, 1, 1.4, 1.2, 1.4, 1.3, 1.4, 1.3), var3 = c(5L, 
3L, 4L, 1L, 5L, 2L, 7L, 5L, 4L), group = structure(c(1L, 1L, 
2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L), .Label = c("A", "B"), class = "factor")), .Names = c("var1", 
"var2", "var3", "group"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-9L))
## My variable
x <- c("var1+var2")
##Fitting the model
myglm <- glm(formula = group ~ var1+var2 , family = "binomial", data = mydata) ## works fine


myglm2 <- glm(formula = group ~ x , family = "binomial", data = mydata)
Error in model.frame.default(formula = group ~ x, data = mydata, drop.unused.levels = TRUE) : 
  variable lengths differ (found for 'x')

我尝试使用paste(x)和cat(x)函数，但它没有用。 可以在R中这样做吗？ 我需要使用它，因为我在for循环中制作大约1000 glm 。

Answer 1

使用as.formula编辑，甚至更简单：

valid.names <- names(mydata)[names(mydata) != "group"]  # all but group
for(i in 2:length(valid.names)) {
  frm <- as.formula(paste("group ~", valid.names[i - 1], "+" , valid.names[i]))
  myglm <- glm(formula = frm, family = "binomial", data = mydata) ## works fine
}

---

旧版本

这是使用parse的潜在解决方案：

valid.names <- names(mydata[, -4])  # all but group
frm <- group ~ x
for(i in 2:length(valid.names)) {
  varplusvar <- parse(text=paste(valid.names[i - 1], "+" , valid.names[i]))[[1]]
  frm[[3]] <- varplusvar
  myglm <- glm(formula = frm, family = "binomial", data = mydata) ## works fine
}

Answer 2

当您想要基于字符串创建公式时，函数reformulate非常有用。 你不需要paste ：

x <- c("var1+var2")

form <- reformulate(x, response = "group")
# group ~ var1 + var2

glm(formula = form , family = "binomial", data = mydata)

Answer 3

as.formula让它变得非常简单。 对于此特定实例，使用您在问题中创建的数据：

mytarget <- "group"

myFormula <- as.formula(paste(mytarget,"~ var1 + var2"))

myglm <- glm(myFormula, family = "binomial", data = mydata)