[英]Grep specific lines in a file
我的文件看起来像这样
Tree:0,pos:0,len:2.29276,TMRCA:0.795328,ARG:,len:2.29276,TMRCA:0.795328
NEWICK_TREE: [169]((2:0.147398,(6:0.136844,(((9:0.00903981,4:0.00903981):0.084126,5:0.0931658):0.0077254,(7:0.0053182,8:0.0053182):0.095573):0.0359525):0.0105546):0.647929,(0:0.199142,(1:0.0103058,3:0.0103058):0.188836):0.596186);
SITE: 0 0.0123617064 0.648849164 0010111111
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Tree:1,pos:0.0169589,len:2.28476,TMRCA:0.795328,ARG:,len:2.28476,TMRCA:0.795328
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iHistoryMax: 3
但是,我唯一需要的是每个树的位置(在树的行中:1,pos),输出应该只是在1列中有3行(或更多)的后跟pos的数字。 树线的位置并不总是在每个3行中,因为它们之间的部分可以改变长度。 这可以用bash完成吗?
使用带有以下分隔符的awk
:
和,
然后打印所需的字段。 例如,这将打印Tree
和pos
号码:
awk -F[:,] '/^Tree:/{print $2,$4}' file
使用grep和-P
grep -Po "(?<=Tree.*pos:)[0-9.]+" file
0
0.0169589
0.0472255
0.0539094
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