knitr pandoc：“无法用pdf writer生成pdf输出”

Question

锋线 ：使用pandoc()在knitr，它抱怨试图编译.MD或.Rmd成PDF时。

正如许多地方所记录的那样，我正在简化可重复研究的过程。 我正在使用pandoc和knitr并生成出色的文档。 我也试图精简一些不熟悉编程的同事，但我们正试图使用​​类似的文件。 “用户友好”以降价为中心的编辑器有几种选择，出于几个原因，我倾向于使用RStudio（对于他们来说，emacs / ess对我而言，但那是不同的）。

我的工作流程：给他们一个markdown（.md或.Rmd）文件，让他们能够进行更改，并可选择将其重新呈现为PDF。 不幸的是，RStudio不允许（AFAICT）允许设置模板或其他任意pandoc配置参数（例如，章节，数字部分），因此在R / knitr中使用pandoc()在这里很有意义。

使用whitepaper.Rmd作为输入文件，我在R中运行pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf')并立即获得：

> pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf')
executing pandoc  -t latex --standalone --smart --number-sections --template=report.tex -f markdown -t pdf -o whitepaper.pdf "whitepaper.Rmd"
pandoc.exe: cannot produce pdf output with pdf writer
Error in (function (input, format, ext, cfg)  : conversion failed

我在特定于knitr的头文件中明确地有“t：latex”，但没有它， pandoc()仍在向系统调用添加“-t pdf”，这是pandoc.exe不接受的。

通过故障排除，如果我删除'-t pdf' ，命令工作正常，所以输入文件本身似乎没有任何问题：

> system('pandoc  -t latex --standalone --smart --number-sections --template=report.tex -f markdown -o whitepaper.pdf "whitepaper.Rmd"')

已经有关于该主题的许多其他对话： 14586177 ， 14508429 ， 15258233 ，以及重讨论11025123 。 他们都解决了需要命令行工作，额外中间步骤，外部Makefile或knit2pdf() （使用texi2pdf，不需要）的解决方案。

我看到它们的约束：

• 在R环境中轻松操作;
• 利用Yihui的“ <!--pandoc ... --> ”文件内配置（允许我在我的模板之间继续任意切换，用于几个例子中的一个）;
• 优选地，用单个“标准化”命令执行该操作（即，“ pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf') ”）。

...这样，一旦参数设置在文件中，编辑和重新渲染就相对来说已经死了。

我可以修补和覆盖Yihui的knitr:::pandoc_one()来删除'-t'和格式的违规添加，但我想知道其他地方可能有什么副作用。 这种解决方案不可持续，也不是“正确的方式（tm）”。

建议“正确的方法（tm）”来解决这个问题？ 我错过了一个简单/明显的解决方案吗？

顺便说一句：谢谢，谢毅辉，针织者和约翰麦克法兰的pandoc。 迷死人！ （也许我可以向其中一个或两个提交补丁建议来解决我的用例，但如果它只是我那么它可能不值得。）

Answer 1

我认为你需要的所有信息都在?pandoc ，其中包括运行system("pandoc -h")以查看可能的输出格式的示例。 从中你了解到这一点

输出格式：asciidoc，beamer，context，docbook，docx，dzslides，epub，epub3，fb2，html，html5，json，latex，man，markdown，markdown_github，markdown_mmd，markdown_phpextra，markdown_strict，mediawiki，native，odt，opendocument，opml ，org，pdf *，plain，revealjs，rst，rtf，s5，slideous，slidy，texinfo，textile [* for pdf output，use latex or beamer and -o FILENAME.pdf]

所以基本上format = "pdf"无效，你应该使用pandoc("tmp.Rmd", format = "latex", ext = "pdf") （并且实际上ext="pdf"部分是默认的，根据?pandoc ，所以你真正需要的是pandoc("tmp.Rmd", "latex") ）。 至于为什么pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf')导致用-t pdf调用，好吧，你告诉它在你的pandoc()调用的第二个参数中这样做。