R gam和mgcv之间的包冲突？

Question

在R分离包不是一个好习惯（参见?detach ），但由于某些原因，我必须在gam和mgcv包之间切换。 一旦mgcv被附加和分离（并且命名空间中的所有依赖项都被卸载了！）， gam函数会产生一些奇怪的错误（请原谅这个术语）。 似乎 - 即使之前卸载了一步 - mgcv和朋友回到命名空间并且函数调度出错了。 以前有人遇到过同样的问题吗？

# fresh session
t.s1 <- search()
t.lN1 <- loadedNamespaces()

# some dummy data
data <-data.frame(is.exc=sample(x=c(0,1),size=100,replace=T),
year=1:100,doy=rep(1:5,times=20))
t.dof <- 2

# everything works fine
library(gam)
t.gam1 <- gam::gam(is.exc~s(year,df=t.dof)+s(doy,df=t.dof),data=data,family=poisson)
t.pred1 <- gam::predict.gam(t.gam1,newdata=data,type='terms')
detach('package:gam',unload=T,character.only=T)
detach('package:splines',unload=T,character.only=T)

# compare attached packages and namespaces with fresh session
t.s2 <- search()
t.lN2 <- loadedNamespaces()
identical(t.s1,t.s2)
identical(t.lN1,t.lN2)

# attach and detach mgcv
library(mgcv)
detach('package:mgcv',unload=T,character.only=T)
unloadNamespace('nlme')
unloadNamespace('Matrix')
unloadNamespace('lattice')
unloadNamespace('grid')

# compare again attached packages and namespaces with fresh session
t.s2 <- search()
t.lN2 <- loadedNamespaces()
identical(t.s1,t.s2)
identical(t.lN1,t.lN2)

# use package gam again and produce errors
library(gam)
t.gam2 <- gam::gam(is.exc~s(year,df=t.dof)+s(doy,df=t.dof),data=data,family=poisson)
gam::summary.gam(t.gam2)
t.pred2 <- gam::predict.gam(t.gam2,newdata=data,type='terms')

# why do we have mgcv and friends in the namespace?
loadedNamespaces()

我的会话信息是（新会议）：

R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8         LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
[9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.0.2

我使用最新版本的gam（1.09）和mgcv（1.7-28）。 任何提示都表示赞赏！

Answer 1

正如您所期望的那样，问题是gam和mgcv包都为“gam”对象安装了S3方法。 但是，正如？分离文档中所述：

从命名空间注册的S3方法不会被删除。

所以在你的情况下，很容易看出这是你的问题的原因：

library(gam)
# installs gam::print.summary.gam
identical(getS3method('print', 'summary.gam'), gam:::print.summary.gam)
[1] TRUE


library(mgcv)
# installs mgcv::print.summary.gam
identical(getS3method('print', 'summary.gam'), mgcv:::print.summary.gam)
[1] TRUE

# save a pointer before unloading namespaces
mgcv_psgam <- mgcv:::print.summary.gam

detach('package:mgcv',unload = TRUE, character.only = TRUE)
# after the detach, the method from mgcv is still installed !!!
identical(getS3method('print', 'summary.gam'), mgcv_psgam)
[1] TRUE

结论：确保你永远不会加载mgcv