R和ggpairs中用户定义的调色板

Question

我正在尝试使用来自ggpairs的GGally库的GGally的散点图的另一个调色板。请参阅此处的类似问题 。

library(ggplot2)
library(GGally)

作品

ggplot(iris, aes(x=Sepal.Width, colour=Species)) + stat_ecdf() + scale_color_brewer(palette="Spectral")

也有效

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral")
ggplot(iris, aes(x=Sepal.Width, colour=Species)) + stat_ecdf()

不行

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral")

ggpairs(iris, 
    columns=, c("Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", "Petal.Width"),
    colour='Species',
    lower=list(continuous='points'), 
    axisLabels='none',  
    upper=list(continuous='blank')
)

但补充一点

putPlot(p, ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, colour=Species)) + stat_ecdf(), 1,1)

添加正确颜色的图表。

解决方法

之后我可以使用getPlot更改绘图，但这并不漂亮..

subplot <- getPlot(a, 2, 1) # retrieve the top left chart
subplotNew <- subplot + scale_color_brewer(palette="Spectral")
a <- putPlot(a, subplotNew, 2, 1)

如何更改ggpairs中散点图的颜色方案？ 更具体地说，我想手动定义颜色

scale_colour_manual(values=c("#FF0000","#000000", "#0000FF","#00FF00"))

谢谢！

Answer 1

这是一个有效的黑客：

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral")
unlockBinding("ggplot",parent.env(asNamespace("GGally")))
assign("ggplot",ggplot,parent.env(asNamespace("GGally")))

为ggplot函数分配新值时，它位于全局环境中。 现在， GGally在加载时导入包括ggplot在内的所有内容（不一定是这样）。 此时，更改全局环境中的ggplot函数无效，因为从GGally具有优先权。 相反，您需要更新ggplot上的GGally:imports函数GGally:imports 。 只有一个问题：一旦加载了包，它的绑定就会被锁定。 但我们可以解锁它们（我猜这是不赞成的，因此将解决方案标记为黑客）。

请参阅Josh O'Brien 在R中替换内置函数定义下的答案？ 了解更多信息。

Answer 2

正如stacksia所说（但也添加了scale_fill_brewer）

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral") + scale_fill_brewer(palette="Spectral")
unlockBinding("ggplot",parent.env(asNamespace("GGally")))
assign("ggplot",ggplot,parent.env(asNamespace("GGally")))

请参阅Josh O'Brien 在R中替换内置函数定义下的答案？ 了解更多信息。