python在同一根节点上根两棵树

Question

我写了一个程序来计算两棵树之间的距离。 树木已经扎根。

我想确保树木植根于同一根或外群。

据我所知，在ete2中，一个树只能设置根，而不能找到该树的根，而另一棵树也可以在同一棵树上建立根。

我想在一棵树中找到根，并在另一棵树中设置相同的根。 因此树木以相同的方式扎根。

#>>> print t1
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#         /-aaaaaaaaad
#      /-|
#   /-|   \-aaaaaaaaae
#  |  |
#--|   \-aaaaaaaaaa
#  |
#  |   /-aaaaaaaaab
#   \-|
#      \-aaaaaaaaac
#>>> print t2
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#      /-aaaaaaaaaa
#   /-|
#  |  |   /-aaaaaaaaab
#  |   \-|
#--|      \-aaaaaaaaac
#  |
#  |   /-aaaaaaaaad
#   \-|
#      \-aaaaaaaaae
#

因此，在t1中，树的根源是以b和c结尾的外群。 我想将此outgroup和root t2放在同一组中。

有谁知道是否有可能确保树木植根相同？ 还是其他软件包中包含这种方法？

Answer 1

etetoolkit提供了用于生根树的set_outgroup方法。 如果只想在两棵树中具有相同的根以进行拓扑比较，则最简单的方法是选择与两棵树中的根相同的提示名称。

from ete2 import Tree
# generate 2 random trees
t1 = Tree()
t2 = Tree()
t1.populate(5)
t2.populate(5)
# root both to the same tip name
root = t1.get_leaf_names()[0]
t1.set_outgroup(root)
t2.set_outgroup(root)

print t1
print t2
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#  /-aaaaaaaaaa
#-|
# |   /-aaaaaaaaab
#  \-|
#    |   /-aaaaaaaaac
#     \-|
#       |   /-aaaaaaaaad
#        \-|
#           \-aaaaaaaaae
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#  /-aaaaaaaaaa
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#-|      /-aaaaaaaaad
# |   /-|
# |  |   \-aaaaaaaaae
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#    |   /-aaaaaaaaab
#     \-|
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