条件的长度> 1，并且仅使用第一个元素

Question

我有一个数据框，旅行：

> head(trip.mutations)
  Ref.y Variant.y
1 T     C 
2 G     C 
3 A     C  
4 T     C 
5 C     A 
6 G     A 

我要添加遵循以下规则的第三列：mutType：

for (i in 1:nrow(trip)) {
   if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='A') {
      trip[i, 'mutType'] <- "G:C to T:A"
   }
   else if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='C'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='G') {
      trip[i, 'mutType'] <- "G:C to C:G"
   }
   else if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='A'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='T') {
      trip[i, 'mutType'] <- "G:C to A:T"
   }
   else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='A') {
      trip[i, 'mutType'] <- "A:T to T:A"
   }
   else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='G'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='C') {
      trip[i, 'mutType'] <- "A:T to G:C"
   }
   else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='C'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='G') {
      trip[i, 'mutType'] <- "A:T to C:G"
   }
}

但是我得到了错误：

Warning messages:
1: In if (trip$Ref.y == "G" & trip$Variant.y == "T" | trip$Ref.y ==  ... :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used

我认为我的逻辑语句不应该产生向量，但是也许我缺少了一些东西。 trip $ mutType 应该看起来像这样：

mutType
A:T to G:C
G:C to C:G
A:T to C:G
A:T to G:C
G:C to T:A
G:C to A:T

有人可以在这里发现问题吗？ 我需要||吗 代替| 也许？

Answer 1

之所以会出现错误，是因为if只能评估长度为1的logical向量。

也许您错过了& （ | ）和&& （ || ）之间的区别。 较短的版本按元素运行，而较长的版本仅使用每个向量的第一个元素，例如：

c(TRUE, TRUE) & c(TRUE, FALSE)
# [1] TRUE FALSE

# c(TRUE, TRUE) && c(TRUE, FALSE)
[1] TRUE

您根本不需要if语句：

mut1 <- trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='A'
trip[mut1, "mutType"] <- "G:C to T:A"

Answer 2

就像sgibb所说的那样，这是一个问题，与| |无关。 或||。

这是解决问题的另一种方法：

for (i in 1:nrow(trip)) {
  if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='T'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='A') {
    trip[i, 'mutType'] <- "G:C to T:A"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='C'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='G') {
    trip[i, 'mutType'] <- "G:C to C:G"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='A'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='T') {
    trip[i, 'mutType'] <- "G:C to A:T"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='T'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='A') {
    trip[i, 'mutType'] <- "A:T to T:A"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='G'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='C') {
    trip[i, 'mutType'] <- "A:T to G:C"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='C'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='G') {
    trip[i, 'mutType'] <- "A:T to C:G"
  }
}