与 iGraph 中的边属性相似

Question

假设我们有一些图 g，然后我们从 g 计算每对节点之间的一些相似性：

g <- graph.ring(10)
g_sim <- similarity.dice(g)

问题是：如何使用来自 g_sim 的数据为来自 g 的边分配权重？ 换句话说：如果 g 中有边 A--B，我希望该边的属性等于我们在 g_sim 中对 A,B 的值。

Answer 1

理论上你可以做

g <- graph.ring(10)
g_sim <- similarity.dice(g)
el <- get.edgelist(g)
E(g)$weight <- g_sim[el]

但在这种情况下， similarity.dice不是一个好的衡量标准。 如果将邻接（边实际存在的地方）与非零相似度值进行比较

get.adjacency(g)
#  [1,] . 1 . . . . . . . 1
#  [2,] 1 . 1 . . . . . . .
#  [3,] . 1 . 1 . . . . . .
#  [4,] . . 1 . 1 . . . . .
#  [5,] . . . 1 . 1 . . . .
#  [6,] . . . . 1 . 1 . . .
#  [7,] . . . . . 1 . 1 . .
#  [8,] . . . . . . 1 . 1 .
#  [9,] . . . . . . . 1 . 1
# [10,] 1 . . . . . . . 1 .

g_sim
#       [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
#  [1,]  1.0  0.0  0.5  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.5   0.0
#  [2,]  0.0  1.0  0.0  0.5  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0   0.5
#  [3,]  0.5  0.0  1.0  0.0  0.5  0.0  0.0  0.0  0.0   0.0
#  [4,]  0.0  0.5  0.0  1.0  0.0  0.5  0.0  0.0  0.0   0.0
#  [5,]  0.0  0.0  0.5  0.0  1.0  0.0  0.5  0.0  0.0   0.0
#  [6,]  0.0  0.0  0.0  0.5  0.0  1.0  0.0  0.5  0.0   0.0
#  [7,]  0.0  0.0  0.0  0.0  0.5  0.0  1.0  0.0  0.5   0.0
#  [8,]  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.5  0.0  1.0  0.0   0.5
#  [9,]  0.5  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.5  0.0  1.0   0.0
# [10,]  0.0  0.5  0.0  0.0  0.0  0.0  0.0  0.5  0.0   1.0

您将看到所有边的权重都为similarity.dice度量是公共邻居数除以顶点度数总和的两倍。 显然，顶点本身被排除在计算之外。 所以这意味着圆上的两个连接的顶点不共享邻居，所以它们的权重为 0。所以一切正常，只是similarity.dice不是给这个图的边加权的好选择，因为所有的权重都是 0 .

感谢@user368090，这是一个看起来更好的

g <- graph.famous("Krackhardt_Kite")
g_sim <- similarity.dice(g)
el <- get.edgelist(g)
E(g)$weight <- g_sim[el]
plot(g, edge.width=E(g)$weight*10)