R中y轴的对数-对数刻度

Question

我正在尝试为R中的审查数据创建一个Weibull概率图。为此，我需要对数坐标轴刻度为y，对数坐标轴为x。

y轴是概率（范围从0到1），x轴是“天数”。

我知道我可以在plot（）函数中使用log =“ xy”创建对数轴。 但是我需要对数轴刻度为y轴。

有没有办法做到这一点？

先感谢您！

数据示例： data $

              X cens survCount   medianRank
       136.5424    1        10   0.09090909
       181.9756    1         9   0.18181818
       192.4309    1         8   0.27272727
       216.6145    1         7   0.36363636
       224.3097    0         6   NA
       254.4997    0         5   NA
       285.1438    1         4   0.49090909
       289.3991    1         3   0.61818182
       295.9161    0         2   NA
       309.9522    0         1   NA

X：直到失败的时间
cens：二进制，如果检查则为0
survCount：失败/检查之前存在的事物数
平均排名：失败的累积概率

说明：
所以X是我在对数x轴上想要的，而位数Ranks是我想要在对数对数y轴上的东西。

问题是您不能从小于1的数字计算两倍的对数，因为第一个对数将给出负数，并且您不能从负数计算对数。 这就是为什么我要变换轴而不是值的原因。

到目前为止，我做了什么：
到目前为止，我的解决方法是将y值与一个数字（例如1000）相乘，以使我没有小于1的任何值，然后计算这些值的对数-对数。 然后，我绘制它们，隐藏轴并使用axis（）函数添加新轴。

data$medianRank <- data$medianRank*1000  
loglogY <- log(log(data$medianRank))  
logX <- log(data$X)  

plot(logX, loglogY, yaxt="n", xaxt="n")  

ylabels <- c(0.1, 0.2, 0.5, 0.7, 0.99)
yAt <- log(log(ylabels*1000))
axis(2, at=yAt, labels=ylabels)
xlabels <- c(100, 200, 300, 400)
xAt <- log(xlabels)
axis(1, at=xAt, labels=xlabels)

---

@ mike1886建议使用ggplot2软件包。 我看了一下，发现的结果很有希望。 当创建ggplot时，可以添加coord_trans（）来变换轴。 有一些可用的转换，但是我找不到对数。 幸运的是，还可以使用scales包中的trans_new（）函数编写自定义转换。
到目前为止，我的代码已经进行了新的转换：

require(ggplot2)
require(scales)
loglog_trans <- function(){
  trans <- function(x){ log(log(x)) }
  inv <- function(x){ exp(exp(x)) }
  trans_new("loglog", trans, inv)
}

wpp <- ggplot(data2, aes(ftime, medianRank)) + geom_point()
wpp
wpp + coord_trans("log10", "loglog")

但这是行不通的。

if（zero_range（range））{中的错误：需要TRUE / FALSE时缺少值另外：警告消息：在log（log（x））中：产生NaN

Answer 1

您可以尝试在R中使用ggplot2（这是一个非常漂亮且完整的绘图程序包）。例如，考虑查看以下页面： http ://www.cookbook-r.com/Graphs/Axes_(ggplot2)/#axis- 转换日志SQRT等

这将使您可以对轴进行任何操作。 例如，

m <- qplot(rating, log10(votes), data=subset(movies, votes > 1000), na.rm = TRUE)
m + scale_y_log10() + scale_x_log10()

Answer 2

我怀疑您期望绘制“互补对数-log”，这可能意味着您被要求绘制负对数的对数。 我承认，这并不总是这样的情节通常出现。 在关于生存分析的课文中，我通常会看到一种上升的趋势，应该看到在满足危险性假设时，log（-log（survival））随时间绘制的大致平行线（具有正斜率）。

 dat <- read.table(text="             X cens survCoun
        136.5424    1        10   0.09090909
        181.9756    1         9   0.18181818
        192.4309    1         8   0.27272727
        216.6145    1         7   0.36363636
        224.3097    0         6   NA
        254.4997    0         5   NA
        285.1438    1         4   0.49090909
        289.3991    1         3   0.61818182
        295.9161    0         2   NA
        309.9522    0         1   NA", header=TRUE)

 with( dat, plot( log(X), log( - log(medianRank) ) ) )

因此，请考虑以下情况：我将survCount / 10用作时间= X时幸存的比例：

png(); with( dat, plot( log(X), 
                        log( - log(survCount/max(survCount) ) ) 
                       ) )
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