将perl脚本应用于目录中的每个文件，并使用Python获取输出

Question

我正在尝试制作一个python脚本，该脚本将打开一个目录，将perl脚本应用于该目录中的每个文件，并将其输出到多个文本文件或一个文件中。

我目前有：

import shlex, subprocess
arg_str = "perl tilt.pl *.pdb > final.txt"
arg = shlex.split(arg_str)

import os
framespdb = os.listdir("prac_frames")

for frames in framespdb:
        subprocess.Popen(arg, stdout=True)

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我不断发现* .pdb。 我对所有这些都是新手，因此尝试完成此脚本的任何帮助都会有所帮助。

Answer 1

找不到* .pdb的意思是-您正在运行脚本的任何目录中都没有* .pdb ...并且在我阅读代码时-我看不到任何暗示它在'框架'内的内容当它运行perl脚本时。

您可能需要在Popen之前使用os.chdir（path）。 如何在Python中“ cd”？

...使用python脚本运行对perl的可疑syscall可能会冒犯某些人，但每个人都这样做了..除此之外，我还指出：

始终指定完整路径（如果您稍后要说，想从cron或没有PATH的环境中自动运行作业，这将成为一个问题）。 即“哪个perl”-输入完整路径。

./ .pdb会更好，但不如fullpath / .pdb（您可以使用它代替os.chdir选项）更好。

Answer 2

        subprocess.Popen(arg, stdout=True)

不扩展文件名通配符。 要处理*.pdb ，请使用shell=True 。