R 中的 pheatmap 格式：图例大小和创建方形图

Question

Pheatmap 仅在图例 = FALSE 时创建方形图。 我曾尝试使用 par() 来允许更多的 oma() 和 mar() 空间而没有运气。 这个传说也很大，我找不到任何关于减少这个或改变它的位置的文档。 第一个图没有拟合树状图，但这与尺寸问题无关。 无论聚类如何，都会发生同样的情况。 我将不胜感激任何评论

png(filename="tmpfile.png", width=1500, height=1500, res=500)
pheatmap(res, cluster_rows=FALSE, cluster_cols=FALSE, main="Default_clust", annotation=res2, color = rainbow(n, start=.7, end=.1), show_rownames=FALSE, show_colnames=FALSE, border_col=NA, fontsize=6)
dev.off()

Answer 1

关于方形图的问题实际上与绘制 Pearson 相关性非常相关。 我来到这里希望得到答案，最后我想出了一个手动设置单元格宽度的解决方法，例如：

pheatmap(...,     
cellheight=3, cellwidth = 3)

但我想要更好的方法。

Answer 2

使用建议的示例，这是我得到的：

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# Draw heatmaps
pheatmap(test, cluster_row = FALSE, legend_breaks = -1:4, legend=T, legend_labels = c("this is a     really long item", "1e-4", "1e-3", "1e-2", "1e-1", "1"))

标签和图例现在可见：

Answer 3

更改图例大小的一种方法是设置字体大小。 也就是说，pheatmap 中的图例大小与字体大小成正比。 然后，您可以独立设置行和列标签大小（fontsize_row、fontsize_col）。 这种方法的唯一问题是您的注释标签当然也会被放大或缩小，但看起来您无论如何都没有使用它们。

另外，非常确定您的热图是方形的，因为您的 png 是方形的。