在cython中使用typedef的结构

Question

我在头文件dcm.h中具有以下定义：

typedef struct
{    
    double alpha;
    double gamma;
    double tau;
} ThetaDCM;

我想在cython中导入它，所以我有：

cdef extern from "dcm.h":

    ctypedef struct ThetaDCM:

        np.float64_t alpha
        np.float64_t gamma
        np.float64_t tau

现在，我想将内存分配给ThetaDCM的数组。 我有以下内容：

cdef ThetaDCM *c_theta = <ThetaDCM *> malloc(nt * nb * sizeof(ThetaDCM))

free(c_theta)

此文件未编译，并报告以下错误：

error: ‘ThetaDCM’ undeclared (first use in this function)
   __pyx_v_c_theta = ((ThetaDCM *)malloc(((__pyx_v_nt * __pyx_v_nb) * (sizeof(ThetaDCM)))));

还有其他与此错误有关的错误。 如果我在extern块之外定义ThetaDCM，则代码可以毫无问题地进行编译。 因此，如果导入Theta，cython将看不到我的声明。 有没有解决此问题的标准方法？

编辑：

我文件的标题比我发布的要复杂一些。 它是

# ifdef __CUDACC__
# ifndef DDM_HEADER
# define DDM_HEADER

#include "math.h"
#include "curand_kernel.h"
#include "curand.h"
#include <stdio.h>
...
# endif 

# ifdef __CUDACC__
# define BDDM_EXTERN extern "C"
# else
# define BDDM_DEVICE
# endif

BDDM_EXTERN
int llh_m0t( double *x, double *y, double *u,
    double *theta, double *ptheta, int ny, int nt, double *llh);
...
typedef struct
{    
    double alpha;
    double gamma;
    double tau;
} ThetaDCM;

# endif 

最上面的指令用于检查编译器是否为nvcc，即用于cuda代码的编译器。 现在我意识到这里有一个错误，我应该有：

# ifndef DDM_HEADER
# define DDM_HEADER
# ifdef __CUDACC__

#include "math.h"
#include "curand_kernel.h"
#include "curand.h"
#include <stdio.h>
...
# endif

BDDM_EXTERN
int llh_m0t( double *x, double *y, double *u,
    double *theta, double *ptheta, int ny, int nt, double *llh);
...

typedef struct
{    
    double alpha;
    double gamma;
    double tau;
} ThetaDCM;
# endif 

令我感到困惑的是，尽管使用了#ifdef CUDACC，但是仍编译了cython代码。 我用cython封装了在第一个#ifdef语句（如llh_m0t）中定义的c函数，所以令人困惑的是cython可以看到这些函数定义。

Answer 1

cython的旧版本（也可能是beta版本）可能是一个问题。

我同意这并不是一个真正的答案-大多是一个很长的评论...但是使用cython 0.20.0对我有用 ：

_dcm.h

 typedef struct { double alpha; double gamma; double tau; } ThetaDCM; 

_dcm.pyx

 cimport numpy as np from libc.stdlib cimport malloc, free nt = 1 nb = 1 cdef extern from "dcm.h": ctypedef struct ThetaDCM: np.float64_t alpha np.float64_t gamma np.float64_t tau cdef ThetaDCM *c_theta = <ThetaDCM *> malloc(nt * nb * sizeof(ThetaDCM)) print(hex(<long>c_theta)) free(c_theta) 

sh$ cython dcm.pyx
sh$ gcc -shared -pthread -fPIC -fwrapv -O2 -Wall -fno-strict-aliasing -I../include/python3.4m/ -L../lib/python3.4/ dcm.c -o dcm.so
sh$ python3Python 3.4.1 (default, Aug 20 2014, 14:47:11) 
[GCC 4.7.2] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import dcm
0x23e44f0

Answer 2

Cython不为标题所要求的条件编译提供#define宏支持：

_dcm.h

 # ifdef __CUDACC__ typedef struct { double alpha; double gamma; double tau; } ThetaDCM; # endif 

快速解决方法：

_dcm.pyh

 #define __CUDACC__ #include "dcm.h" 

_dcm.pyx

 [...] cdef extern from "dcm.pyh": # ^^^ [...]