在来自小鼠（R）的部分估算数据上运行glm.mids

Question

我得到一个错误，当我尝试运行glm.mids上的一个子集mids归集对象：

library(mice)
imp2 = mice(nhanes)
glm.mids( (hyp==2)~bmi+chl, data=imp2, subset=(age==1) )

给出错误的错误信息

"Error in eval(expr, envir, enclos) :
..1 used in an incorrect context, no ... to look in"

即使语法可以在原始数据集上使用常规glm进行操作：

glm( (hyp==2)~bmi+chl, data=nhanes, subset=(age==1) )

文档?glm.mids并未专门解决subset但说您可以将其他参数传递给glm 。 如果我不能在glm.mids使用subset ，是否有一个很好的方法直接将mids列表对象子集？

Answer 1

我已经拥有重写glm.mids的自由。 这有点糊涂。 问题似乎源于将属性传递给glm的隐式本质。

另请参阅以下帖子：

https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2003-November/041537.html

http://r.789695.n4.nabble.com/Question-on-passing-the-subset-argument-to-an-lm-wrapper-td3009725.html

library(mice)

glm.mids=function (formula, family = gaussian, data, ...) 
{
  call <- match.call()
  if (!is.mids(data)) 
    stop("The data must have class mids")
  analyses <- as.list(1:data$m)
  for (i in 1:data$m) {
    data.i <- complete(data, i)
    analyses[[i]] <- do.call("glm",list(formula=quote(formula),family=quote(family),data=quote(data.i),...))
  }
  object <- list(call = call, call1 = data$call, nmis = data$nmis, 
                 analyses = analyses)
  oldClass(object) <- c("mira", "glm", "lm")
 return(object)
}

imp2 = mice(nhanes)
glm.mids( (hyp==2)~bmi+chl, data=imp2 ,subset=quote(age==1))

我重写的唯一部分是glm.mids analyses[[i]] <- do.call("glm",list(formula=quote(formula),family=quote(family),data=quote(data.i),...)) -do.call analyses[[i]] <- do.call("glm",list(formula=quote(formula),family=quote(family),data=quote(data.i),...))

在旧版本中，它读取analyses[[i]] <- glm(formula, family = family, data = data.i,...)

Answer 2

解决办法是用

with(data=imp2, exp=glm((hyp==2)~bmi+chl, family=binomial , subset=(age==1) ))

（我认为）您问题中的问题是在glm.mids函数中使用... 它们在函数参数中使用，以允许“将其他参数传递给glm”。 但是，当在glm.mids函数glm.mids ...传递给glm调用时，不会以这种方式处理它们。 在?glm ， ...是“对于glm：如果未直接提供，则用于形成默认控制参数的参数”。 因此，其他参数将不起作用。

要看到这一点，简化功能

f1 <- function (formula, family = binomial, data, ...) 
{
 glm(formula, family = family, data = data, ...)
  }

f1(formula=((hyp==2)~bmi+chl), data=nhanes, subset=(age==2)) 
#Error in eval(expr, envir, enclos) : 
#  ..1 used in an incorrect context, no ... to look in

因此子集参数不会传递给glm函数调用

使用R的答案：在R函数内部将参数传递给glm，我们可以稍微更改一下函数

f2 <- function (formula, family = binomial, data, ...) 
{
  eval(substitute(glm(formula, family = family, data = data, ...)))
}

# This now runs
f2(formula=((hyp==2)~bmi+chl), data=nhanes, subset=(age==2))

# check
glm((hyp==2)~bmi+chl, data=nhanes, family="binomial", subset=(age==2))

使用substitute将替换函数环境中的参数（这需要更多详细信息-请随时更新）