使用ITK访问tif图像的像素值

Question

我是ITK的新手，我正尝试使用ITK读取tif文件并访问其像素。 这是我用于此目的的代码片段：

    typedef float PixelType;   // Pixel type
    const unsigned char Dimension = 2;
    typedef itk::Image< PixelType, Dimension > ImageType; 
    ImageType::Pointer image;

    typedef itk::ImageFileReader< ImageType > ReaderType;
    ReaderType::Pointer reader;
    reader = ReaderType::New();

    const char * filename = "test.tif";
    reader->SetImageIO(itk::TIFFImageIO::New());
    reader->SetFileName(filename);

    try
    {
        reader->Update();
    }
    catch (itk::ExceptionObject & excp)
    {
        std::cerr << excp << std::endl;
    }

    // Access to a pixel
    ImageType::IndexType pixelIndex;
    pixelIndex[0] = 103;
    pixelIndex[1] = 178;
    ImageType::PixelType pixelValue = image->GetPixel(pixelIndex);
    std::cout << "pixel : " << pixelValue << std::endl;

我得到的像素值与正确值不匹配！ 我已经使用MATLAB检查我的测试图像。 其尺寸如下：<298x237x4 uint8>。

我尝试使用MATLAB将image（：，：，1）（即<298x237 uint8>）存储为新的tif图像，然后将此图像作为输入图像传递给上述程序。 它正在工作，并且我获得了预期的正确像素值！

我有点知道问题出在哪里，但我不知道如何解决。 我不知道如何修改程序以从<298x237x4 uint8>输入图像中提取<298x237 uint8>图像。

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更新：

这是我从tiffinfo获得的信息：

Answer 1

您的文件包含RGBA像素，但是您正在将它们读取为仅浮点型的图像。

快速的解决方案是只更改此typedef：

typedef float PixelType;   // Pixel type

至：

typedef itk::RGBAPixel<float> PixelType;   // Pixel type

使用ITK，当您指定ImageFileReader时，您正在指定要作为输出的类型。 ITK将隐式地转换为您所请求的类型。 在您的情况下，您需要从RGBA转换为float。

通过直接构造ImageIO，您可以从文件中获取像素类型信息。 这是Wiki示例的一个示例：

  std::string inputFilename = argv[1];

  typedef itk::ImageIOBase::IOComponentType ScalarPixelType;

  itk::ImageIOBase::Pointer imageIO =
        itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
            inputFilename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);

  imageIO->SetFileName(inputFilename);
  imageIO->ReadImageInformation();
  const ScalarPixelType pixelType = imageIO->GetComponentType();
  std::cout << "Pixel Type is " << imageIO->GetComponentTypeAsString(pixelType) // 'double'
            << std::endl;
  const size_t numDimensions =  imageIO->GetNumberOfDimensions();
  std::cout << "numDimensions: " << numDimensions << std::endl; // '2'

  std::cout << "component size: " << imageIO->GetComponentSize() << std::endl; // '8'
  std::cout << "pixel type (string): " << imageIO->GetPixelTypeAsString(imageIO->GetPixelType()) << std::endl; // 'vector'
  std::cout << "pixel type: " << imageIO->GetPixelType() << std::endl; // '5'

  /*
  switch (pixelType)
  {
    case itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR:
      typedef itk::Image<unsigned char, 2> ImageType;
      ImageType::Pointer image = ImageType::New();
      ReadFile<ImageType>(inputFilename, image);
      break;

      typedef itk::Image<unsigned char, 2> ImageType;
      ImageType::Pointer image = ImageType::New();
      ReadFile<ImageType>(inputFilename, image);
      break;

    default:
      std::cerr << "Pixel Type ("
                << imageIO->GetComponentTypeAsString(pixelType)
                << ") not supported. Exiting." << std::endl;
      return -1;
  }
  */

我还从事SimpleITK项目，该项目为ITK提供了简化的层，旨在为快速原型制作和交互式计算（如脚本语言）设计。 它添加了一个图层，可自动将图像加载到正确的类型。 如果您来自Matlab，则过渡可能会更容易。