使用knitr / rmarkdown将R脚本集合编译为HTML

Question

我在目录中有一组R脚本，想要将它们全部编译为HTML，就像我可以手动使用R Studio Compile Notebook一样，但是可以控制CSS样式。

每个文件都有一个最小的YAML标头和一些标记，如下所示，我不想在带有块选项的脚本中引入额外的复杂性，除非绝对必要。

#' ---
#' title: "Tests for association in two-way tables"
#' author: "Michael Friendly"
#' ---

#' ## Load and examine data
library(vcdExtra)
data(SexualFun)
SexualFun                # show the table
...

我对于使用哪种工具以这种方式编译单个文件感到困惑spin | knit2html ， markdownToHTML等，一旦我得到这个权利，我可以使用类似于apply()这样做对我的文件，列表files <- list.files(pattern="*.R$")

这是我尝试通过一个附加控件来编译一个文件的方法：

library(knitr)
options(markdown.HTML.options = markdownHTMLOptions(stylesheet = "markdown.css"))
knit_theme$set("seashell")
opts_chunk$set(fig.align="center")
spinone <- function(file, outdir="output/") {
    fn <- knitr:::sans_ext(file)
    #+ suppressmessages, include=FALSE
    knitr::opts_chunk$set(warning = FALSE, message = FALSE)
    spin(file)
    Rmd <- knitr:::sub_ext(file, "Rmd")
    out <- paste0(outdir, knitr:::sub_ext(file, "html"))
    knit2html(Rmd, output=out)
}

但是它不能正常工作。 我得到：

> spinone("sexfun-chisq.R")
processing file: sexfun-chisq.Rmd
  ...
  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code

output file: sexfun-chisq.md

Error in readLines(if (is.character(input2)) { : 
  cannot open the connection
In addition: Warning message:
In readLines(if (is.character(input2)) { :
  cannot open file 'sexfun-chisq.Rmd': No such file or directory

实际上，产生了sexfun-chisq.html ，但是它没有YAML标头，也不使用我的样式选项。

Answer 1

使用spin(file, knit = FALSE)以便不会删除Rmd文件（请参阅?spin的precious参数）。