如何使用Knitr和Pandoc在Rmarkdown中包含DT数据表的js依赖关系

Question

有没有办法用RStudio外部的DT生成的数据表来编译RMarkdown文档？

我正在尝试在RMarkdown文档中包括一个数据表小部件，然后我想使用knitr和pandoc将其转换为html。 这在RStudio上可以正常使用，但是如果我尝试对knitr和pandoc进行相同操作，则无法获得有效的html文件。

这是与RStudio一起使用的Rmd文件的最小示例，但不适用于其他示例：

--- 
title: "Minimal DT example"
---

<style type="text/css"> table, table th, table td {   border: none; } </style>

```{r} 
library(DT) 
datatable(iris) 
```

然后，我想使用以下方法将其转换为html：

knitr::knit('example.Rmd')
knitr::pandoc('example.md',format="html")

我知道RStudio使用了更为复杂的pandoc调用：

/usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc scratch.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output scratch.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/RtmpMLtVfF/rmarkdown-str24935297671d.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/rmarkdown/rmd/h/highlight

我可以重新创建该tmp文件包含在标题中的部分：

/tmp/RtmpMLtVfF/rmarkdown-str24935297671d.html

我假设此文件包含jquery和datatables的js源。 我试图从软件包源中手动添加它们，但没有成功-并且无论如何都希望有一种开箱即用的解决方案。

Answer 1

RStudio使用的软件包是rmarkdown 。 它处理Knit命令，并将工作委托给knitr和pandoc，还负责捆绑依赖项并将其注入到文档中。

您可能已经安装了该软件包，因此您应该能够一口气生成HTML文件：

rmarkdown::render('example.Rmd')

更多资源：

CRAN上的RMarkdown

RMarkdown简介