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[英]Python: extract sections from a text file and write them into new separate text files
[英]write text file from text files python
我有3个输出文件,分别包含x,y,z坐标
file1.txt(仅包含x)| file2(Y)| 文件3(Z)
2.113
3.023
-7.234
...
还有一个父pdb文件,其中包含坐标数据。 我只想从pdb文件中提取那些与file1,file2,file3中的x,y,z坐标匹配的行。
原子1 O5'GA 93 -12.706 19.299 0.129 1.00 0.00 O
粗体值将是我匹配整个行的匹配条件。
1-我如何将三个输出文件合并成一个文件,该文件可以在一行中给我x,y,z坐标以与我的脚本一起工作。
final_file = [文件1,文件2,文件3]?
2-如何根据匹配条件提取点;
def read_convex_points(final_file,parent_pdb):
with open("output.txt","w") as f1:
with open(final_file) as f2:
with open(parent_pdb) as f3:
for line1 in f2:
for line2 in f3:
if line1 in line2:
f1.write(line2)
return
final_file = "file1.txt"
parent_pdb = "original.pdb"
read_convex_points(final_file,parent_pdb)
我写了类似的函数,但是如果条件不起作用。
您可以像这样合并文件:
def merge(paths):
with open(paths[0]) as f1, open(paths[1]) as f2, open(paths[2]) as f3:
try:
yield next(f1), next(f2), next(f3)
except StopIteration:
return
for x, y, z in merge((file1, file2, file3)):
# check if matching
需要注意的是,这是假设文件的长度相等,因此一旦遇到最短的文件,它将停止。 这可能是可以接受的。
这是在Python中将多个文件粘贴在一起的一种方法。 它可以处理任意数量的输入文件,但是与Peter的解决方案一样,如果文件具有不同的行数,则在最短的文件用完时它会停止。
输出文件中的字段由delimiter
字符串delimiter
,默认情况下为空格。
def paste(sources, dest, delimiter=' '):
fsrc = [open(fname, 'r') for fname in sources]
fdest = open(dest, 'w')
for t in zip(*fsrc):
outline = delimiter.join([line.strip() for line in t]) + '\n'
fdest.write(outline)
for f in fsrc:
f.close()
fdest.close()
paste(('file1', 'file2', 'file3'), 'final_file')
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