单引号内的单引号-Bash命令行GNU parallel

Question

我是Bash命令行使用的新手，并且需要知道在现有单引号内执行单引号的正确语法。

ls *file.fa | parallel -j4 'perl -pe 's/^>/>{}/' {} >newfile_{}'

我知道GNU并行命令并不是特别为人所知或使用，但我认为对于需要在单引号内使用单引号的不同命令，语法不会有所不同。 命令是在名为file.fa的文件中将>更改为> file.fa（>然后是文件名），其中{}合并了从ls * file.fa节中管道传输的文件。

任何帮助深表感谢

Answer 1

用GNU Parallel报价是一门妖术。 手册中有专门针对整个章节的内容： http : //www.gnu.org/software/parallel/man.html#QUOTING

结论：为了避免处理引用问题，仅编写一个小的脚本或函数（记住要导出-f函数）并让GNU 并行调用它可能会更容易。

在这种情况下，我将编写一个函数：

fasta_namer() {
  NAME=$1
  perl -pe "s/^>/>$NAME/" "$NAME" >newfile_"$NAME"
}
export -t fasta_namer
ls *file.fa | parallel -j4 fasta_namer {}

FASTA文件名通常并不奇怪，但是如果它们很奇怪（例如，包含'“ \\ *＆/或其他疯狂的字符），则可以解决该问题：

fasta_namer() {
  NAME=$1
  PERLQUOTED=$2
  NEWNAME=$3
  perl -pe "s/^>/>$PERLQUOTED/" "$NAME" >"$NEWNAME"
}
export -t fasta_namer
ls *file.fa | parallel -j4 fasta_namer {} '{=$_=quotemeta($_)=}' {.}.new.fa