使用R包“ igraph”清洁图形

Question

我需要“清理” R中的图。通过清理，我的意思是我需要删除所有未与特定节点链接的节点。 例如，如果在我的图形中有4个节点，这些节点具有以下边缘：

• 1至3

• 1比2

• 4比2

我只想保留与边1和边1本身链接的节点，所以我需要删除边4。

igraph有什么方法可以构建一种算法来针对非常大的图（例如超过1000个节点和1000000条边）做到这一点？

Answer 1

使用subcomponent和induced.subgraph ：

edges_df <- data.frame(from = c(1, 1, 4), to = c(3, 2, 2))
g1 <- graph.data.frame(edges_df, directed = TRUE)

g2 <- induced.subgraph(g1, subcomponent(g1, "1", mode = "out"))

至于“大”图：1000不是很大。 在我的笔记本电脑上：

system.time({
  g3 <- graph.full(n = 1000, directed = TRUE)
  g4 <- induced.subgraph(g3, subcomponent(g3, "1", mode = "out"))
})
# user  system elapsed 
# 0.47    0.10    0.57