Mac OS X上的C代码编译错误

Question

我正在尝试在Macbook Pro（yosmite 10.10.2，Xcode 6.2）上编译简单的C代码。

#include <stdio.h>
#include "htslib/sam.h"

int main(int argc, char *argv[]){

    htsFile *fp_in = NULL;

    fp_in = hts_open(argv[1],"r");

    if(NULL == fp_in){
        printf("can't open file\n");
    }

    return 0;
}

但是我有编译错误。

gcc -g -Wall -v test_bam.c -o test_bam

Undefined symbols for architecture x86_64:
  "_hts_open", referenced from:
      _main in test_bam-7d7369.o
ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)

我在/ usr / local / include目录下有所有必需的头文件。 我已经用Google搜索了很多，这似乎是一个简单的链接问题。 我尝试使用-L参数进行编译，但我仍然遇到相同的问题。 然后，我尝试使用-arch i386，但是它也不起作用。 我也尝试过clang作为类似的帖子之一，但同样的问题。

经过六个小时的奋斗，我在这里张贴。

谢谢。

Answer 1

如果要包含htslib / sam.h标头，则必须查看/ usr / local / include文件夹，因此将-I / usr / local / include添加到编译器标志中。

另外，您还必须将c文件的第2行更改为：

#include <htslib/sam.h>

大括号表示在系统目录中搜索头文件，而带引号的语法表示在本地路径中搜索。

假设您的hts库安装在/ usr / local / lib /中，则可以添加-L / usr / local / lib标志。

最后添加-lhts标志以链接libhts库。

gcc -g -Wall -L/usr/local/lib -I/usr/local/lib -lhts test_bam.c -o test_bam