如何使用R中的igraph将边缘属性编码为顶点属性

Question

我正在绘制网络图并尝试使用非重叠属性为顶点着色。 我希望我的网络图根据不同的属性进行着色。 在这个例子中，如果ID 2的前三个字母等于U 50或U 51，我希望它显示为红色。 我有5个属性，我希望这个图形编码，任何不属于其中一个类别的观察都应该用默认颜色编码。 通过这种方式，我将能够看到这些属性的强度，并更好地将其传达给其他人。 到目前为止，我一直无法使用各种不同的编码方法来使用代码。 首先，我尝试创建一个新变量，在将其转换为i图形对象之前为每个观察分配正确的属性。

    anon.nd$vertexcolor[substr(anon.nd$ID2,1,3)=="U50" | substr(anon.nd$ID2,1,3)=="U51"]<-"O"
    anon.nd$vertexcolor[substr(anon.nd$ID2,1,3)=="U54" | substr(anon.nd$ID2,1,3)=="U55"]<-"P"
    anon.nd$vertexcolor[anon.nd$INT.type=="K1"]<-"INT.NB"
    anon.nd$vertexcolor[anon.nd$Country=="L12"]<-"UK"
    anon.nd$vertexcolor[anon.nd$ID2=="U769"]<-"OBL"`

然后我指定了我想要为每个属性分配的颜色。 我使用了get vertex属性代码并填入了适当的颜色。

    anon.nd1<-graph.data.frame(anon.nd)
    vertex_colors=get.vertex.attribute(anon.nd1,"vertexcolor")
    colors=c('azure3', 'firebrick1', 'orange1', 'darkblue', 'darkolivegreen', 'gold')
    vertex_colors[vertex_colors==0]=colors[1]
    vertex_colors[vertex_colors==1]=colors[2]
    vertex_colors[vertex_colors==2]=colors[3]
    vertex_colors[vertex_colors==3]=colors[4]
    vertex_colors[vertex_colors==4]=colors[5]
    vertex_colors[vertex_colors==5]=colors[6]

我尝试使用相同的方法：
vertex_colors <-vertex_colors + 1

然后绘制，我将边缘颜色更改为黑色，指定我的布局，并更改边和顶点的大小。

    E(anon.nd1)$color="black"
    nd.layout<-layout.fruchterman.reingold(anon.nd1)
    plot(anon.nd1, layout=nd.layout, vertex.color=vertex_colors, vertex.size=2, edge.arrow.size=.01, vertex.label=NA)

使用此方法，顶点上不会显示任何颜色，甚至不会显示默认颜色。 使用我设置顶点属性的不同方法，我做得更好。 默认颜色显示，但我想要的颜色不显示。

    anon.nd2<-graph.data.frame(anon.nd)
    V(anon.nd2)$colors<-"azure3"
    V(anon.nd2)$colors[substr(anon.nd2$ID2,1,3)=="U50" | substr(anon.nd2$ID2,1,3)=="U51"]<-"firebrick1"
    V(anon.nd2)$colors[substr(anon.nd2$ID2,1,3)=="U54" | substr(anon.nd2$ID2,1,3)=="U55"]<-"orange1"
    V(anon.nd2)$colors[anon.nd2$Country=="L12"]<-"darkblue"
    V(anon.nd2)$colors[anon.nd2$INT.type=="K1"]<-"darkolivegreen"
    V(anon.nd2)$colors[anon.nd2$ID2=="U769"]<-"gold"
    E(anon.nd2)$color<-"black"
    nd.layout<-layout.fruchterman.reingold(anon.nd2)
    windows(width=20, height=16)
    plot(anon.nd2, layout=nd.layout, vertex.size=2, edge.arrow.size=.01, vertex.label=NA, vertex.color="vertex_colors")

我认为问题可能是我试图使用多个（非重叠）边缘属性来编码顶点颜色。 但我不知道如何将edge属性转换为顶点属性。 我也不知道我的代码是否还有其他一些未识别的问题。

下面是我的数据链接，以及我的完整代码文件的链接，该文件有一两个我尝试用来解决这个问题的方法。 任何帮助将非常感激！ 数据

这是一个带有我的代码的R文件，它也在上面： R-file

Answer 1

我认为你搞乱了你的vertex_color矢量，用head（）来看看它。

anon.nd$vertexcolor[anon.nd$INT.type=="K1"]<-"INT.NB"

vertex_colors[vertex_colors==0]=colors[1]

首先分配一个字符串，然后与数字进行比较，因此它们不应该为真。

plot(anon.nd2, layout=nd.layout, vertex.size=2, edge.arrow.size=.01, vertex.label=NA, vertex.color="vertex_colors")

这包含一个拼写错误并为我返回错误，因为“vertex_colors”不是颜色名称。

最后但并非最不重要的是

 plot(anon.nd2, vertex.color=colors)
 or
 plot(anon.nd2, vertex.color=1:8)

导致彩色情节？ 如果是，则vertex_colors向量是您的问题，如果不是其他的话。