在R中使用for循环时，如何从稀有命令获得多条输出

Question

我在R的纯素食包中使用稀有植物，以使稀有物种丰富度达到用户定义的总计数。 稀疏例程运行或循环多次，并且输出平均值。 我创建了一个函数来对多列数据（每个不同的站点）进行此分析。 x是类似于以下内容的数据帧

row.names    site1    site2    site3
ameletus     0        23       10
baetis       34       21       19
.....        .        .        .
zapada       34       41       22

功能如下

bulkrarefy <- function(x,count){
sitenames <- colnames(x)rarefyresult = NULL
for (i in 1 : ncol(x)){
rarefyresult[i] <- rarefy(x[ ,i], count, FALSE)
}
finalresult <- rbind(sitenames,rarefyresult)
}
finalresult

只要我在稀有命令中选择FALSE，该函数就可以正常运行并提供以下输出。

             [,1]               [,2]               [,3]              
sitenames    "Site1"            "Site2"            "Site3"           
rarefyresult "46.5707576102635" "32.8694544217779" "58.4414780302239"

如果我选择TRUE来计算平均值的标准误，并且是每个循环中的第二条输出，则会收到以下警告：

1: In rarefyresult[i] <- rarefy(x[, i], count, TRUE) :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length
2: In rarefyresult[i] <- rarefy(x[, i], count, TRUE) :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length
3: In rarefyresult[i] <- rarefy(x[, i], count, TRUE) :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

我想要的是使标准误差值像这样的平均值以下出现

             [,1]               [,2]               [,3]              
sitenames    "Site1"            "Site2"            "Site3"           
rarefyresult "46.5707576102635" "32.8694544217779" "58.4414780302239"
SE           "2.3"              "1.5"              "4.1"

如何在每个for循环中获取第二部分输出？

Answer 1

我不太了解当您遍历数据列（在您的情况下是站点）时要尝试实现的目标。 以下不是您要做的事情吗？

count <- 20
rarefy(x, count, se = TRUE, MARGIN = 2)