按因子对数据排序并输出到矩阵（或df）R中

Question

我浏览了其他帖子，我想我可以做些什么，但我想清楚一点！

我有一个非常大的数据框，其中包含4个变量和许多行。

  Chain ResId ResNum    Energy
1     C   O17    500 -37.03670
2     A   ARG      8  -0.84560
3     A   LEU     24  -0.56739
4     A   ASP     25  -0.98583
5     B   ARG      8  -0.64880
6     B   LEU     24  -0.58380
7     B   ASP     25  -0.85930

每行包含CHAIN（A，B或C），ResID，ResNum和Energy。 我想对这些数据进行排序，以便将每个链中属于特定Resid和num的所有能量值聚集在一起。 集群是指将“ ARG 8”的所有值分组或将包含“ ARG 8”的所有行分组。 我不知道哪个更有效。 理想情况下，我希望所有残基的输出为

ARG 8
0.000
0.000
0.000

其中“ 0.000”是ARG 8或O17等的能量值。

抱歉，标题中断，我希望数据干净，但无法插入图像。

数据

structure(list(Chain = structure(c(3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L
), .Label = c("A", "B", "C"), class = "factor"), ResId = structure(c(4L, 
1L, 3L, 2L, 1L, 3L, 2L), .Label = c("ARG", "ASP", "LEU", "O17"
), class = "factor"), ResNum = c(500L, 8L, 24L, 25L, 8L, 24L, 
25L), Energy = c(-37.0367, -0.8456, -0.56739, -0.98583, -0.6488, 
-0.5838, -0.8593)), .Names = c("Chain", "ResId", "ResNum", "Energy"
), class = "data.frame", row.names = c(NA, -7L))

Answer 1

编辑后，您最可能需要的输出是：

library(reshape2)
dcast(df, ResId~Chain, value.var= 'Energy')
  ResId        A       B        C
1   ARG -0.84560 -0.6488       NA
2   ASP -0.98583 -0.8593       NA
3   LEU -0.56739 -0.5838       NA
4   O17       NA      NA -37.0367

这将把这些值放在一起。 您可以根据所需的输出进一步指定。

df[order(df$ResId), ]
  Chain ResId ResNum    Energy
2     A   ARG      8  -0.84560
5     B   ARG      8  -0.64880
4     A   ASP     25  -0.98583
7     B   ASP     25  -0.85930
3     A   LEU     24  -0.56739
6     B   LEU     24  -0.58380
1     C   O17    500 -37.03670

#With dplyr
library(dplyr)
df %>%
  arrange(ResId)
  Chain ResId ResNum    Energy
1     A   ARG      8  -0.84560
2     B   ARG      8  -0.64880
3     A   ASP     25  -0.98583
4     B   ASP     25  -0.85930
5     A   LEU     24  -0.56739
6     B   LEU     24  -0.58380
7     C   O17    500 -37.03670

数据

df <- read.table(text = '
Chain ResId ResNum Energy

C O17 500 -37.0367

A ARG 8 -0.8456

A LEU 24 -0.56739

A ASP 25 -0.98583

B ARG 8 -0.6488

B LEU 24 -0.5838

B ASP 25 -0.8593', header=T)

Answer 2

如果要转换为wide格式

library(reshape2)
dcast(df, ResId+ResNum~paste0('Energy.',Chain), value.var='Energy')
#   ResId ResNum Energy.A Energy.B Energy.C
#1   ARG      8 -0.84560  -0.6488       NA
#2   ASP     25 -0.98583  -0.8593       NA
#3   LEU     24 -0.56739  -0.5838       NA
#4   O17    500       NA       NA -37.0367

Answer 3

尝试这个：

df <- df[order(df$Chain, df$ResId, df$ResNum),]

其中df是您数据框的名称。 这应该为您订购。