捕获来自Popen的输出

Question

也许我需要的是对STDOUT的一般解释，但这是我的问题。 我需要在一堆文件对上的python中运行shell脚本，然后解析输出。 如果我运行：

from itertools import combinations
from subprocess import Popen

for pair in combinations(all_ssu, 2):
    Popen(
        ['blastn',
        '-query', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[0]),
        '-subject', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[1]),
        '-outfmt', '6 qseqid sseqid pident'
        ],
    )

...看起来效果很好（请注意： all_ssu是文件名列表）。 Shell会打印出我想比较的几行数据。 那么，如何将打印的数据放入列表，数据框或其他内容中以便可以使用呢？

在查看了文档和此处的其他一些问题之后，似乎stdout标志正在寻找文件对象，因此我尝试了：

from itertools import combinations
from subprocess import Popen
for pair in combinations(all_ssu, 2):
    out_file = open('tmp.txt', 'rw')
    Popen(
        ['blastn',
        '-query', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[0]),
        '-subject', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[1]),
        '-outfmt', '6 qseqid sseqid pident'
        ],
        stdout=out_file
    )
    for line in out_file.readlines():
        print line
    out_file.close()

而且这似乎也可行，除了我创建了不需要的临时文件。 我尝试了设置变量captured到None ，然后把stdout=captured ，但在这种情况下，它只是设置captured到0我也试过out = Popen(...)没有stdout的标志，但同样， out只是int(0) 。 我也尝试过与PIPE玩耍，但无法做到这一点。

所以问题是：如何直接捕获Popen的输出？

Answer 1

从Python 2.7开始，您可以使用subprocess.check_output

它以字节字符串形式返回执行命令的输出。

范例-

>>> import subprocess
>>> s = subprocess.check_output(["echo","Hello World!"], shell=True)
>>> s
b'"Hello World!"\r\n'

我必须在Windows上使用shell=True才能工作，但是在linux上可能不需要。

Answer 2

尝试这个：

from itertools import combinations
from subprocess import Popen, PIPE
for pair in combinations(all_ssu, 2):
    out = Popen(
        ['blastn',
        '-query', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[0]),
        '-subject', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[1]),
        '-outfmt', '6 qseqid sseqid pident'
        ],
        stdout=PIPE
    ).communicate[0]
    print(out)

从我如何在python中获取终端输出？

STDOUT只是程序的标准输出，该文件是程序将打印到的任何内容的文件。

如果要将输出作为列表，则可以在循环之前创建一个空列表（ l = []或其他内容），并在循环的每次迭代结束时执行l.append(out)