geom_jitter 删除不同数量的点，因为每次运行时都缺少绘图值

Question

每次我绘制数据时，R ggplot 中的 geom_jitter 似乎都会删除不同数量的点。 我怀疑这是由于过度绘制（堆积点）？ 例如，如果我创建数据框一次，然后多次运行 ggplot 命令，由于丢失数据（范围从 0 到 1+），我将删除不同数量的点。 有没有办法确保丢失点的数量一致（或没有）？ 我尝试修改大小和抖动宽度/高度，但无济于事。 谢谢！

d <- data.frame(a = rnorm(n = 100, mean = 0, sd = 1), b = rnorm(n = 100, mean = 0, sd = 1))


ggplot(d, aes(a,b)) + geom_point(position=position_jitter(width=0.3, height=.3), size=2) + theme(panel.background=element_blank()) + scale_x_continuous(limits=c(-3, 3)) + scale_y_continuous(limits=c(-3, 3))

Answer 1

抖动将点推到您指定的范围之外，并且每次运行都会计算噪声。 试着让自己抖动一下，这样它就不会每次都改变，或者移除范围限制。

set.seed(0)
d <- data.frame(a = rep(-2:2, each=20), b=rnorm(100))

## Specify your own jitter: 0.1 in width, 1 in height in this example
d <- d + rnorm(nrow(d)*2, 0, sd=rep(c(0.1, 1), each=nrow(d)))

## Always 4 rows removed, unless you rejitter
ggplot(d, aes(a, b)) +
  geom_point(size=2) +
  theme(panel.background=element_blank()) +
  scale_x_continuous(limits=c(-3,3)) +
  scale_y_continuous(limits=c(-3,3))

编辑

实际上要简单得多，只需在运行您拥有的set.seed之前set.seed :)

set.seed(0)
ggplot(d, aes(a,b)) +
  geom_point(position=position_jitter(width=0.3, height=.3), size=2) +
  theme(panel.background=element_blank()) + scale_x_continuous(limits=c(-3, 3)) +
  scale_y_continuous(limits=c(-3, 3))

Answer 2

另一种选择是不使用scale_x_continuous的limits参数。 相反，使用xlim和ylim的参数coord_cartesian 。 这是用于放大绘图的一部分的代码。 x 和 y 轴刻度中的限制参数实际上是要绘制的数据的子集。 通常，这没什么区别，除非您谈论的统计摘要包括图表上不可见的数据。

注意：当您的数据点超出图表时，您将不会收到警告。

d <- data.frame(a = rnorm(n = 100, mean = 0, sd = 1), 
                b = rnorm(n = 100, mean = 0, sd = 1))


ggplot(d, aes(a,b)) + 
  geom_point(position=position_jitter(width=0.3, height=.3), size=2) + 
  theme(panel.background=element_blank()) + 
  coord_cartesian(xlim=c(-3,3), ylim=c(-3,3))

Answer 3

另一个鲜为人知的选项是通过设置 out of bounds (oob) 参数来更改 scales 处理其边界的方式。

这真的不是我的想法，而是在这个非常相似的线程中受到用户 axeman 的很大启发。

library(ggplot2)
set.seed(0)
d <- data.frame(a = rnorm(n = 100, mean = 0, sd = 1), b = rnorm(n = 100, mean = 0, sd = 1))

ggplot(d, aes(a,b)) + 
  geom_point(position=position_jitter(width=0.3, height=.3), size=2) + 
  theme(panel.background=element_blank()) + 
  scale_x_continuous(limits=c(-3, 3), oob = scales::squish) + 
  scale_y_continuous(limits=c(-3, 3), oob = scales::squish)

^{由reprex 包( v2.0.0 ) 于 2021 年 4 月 27 日创建}