R devtools 失败，因为“在 pkg-config 搜索路径中找不到包 libxml-2.0”

Question

我正在尝试在 R 版本 3.2.1 中安装 devtools，但是当我这样做时会引发以下错误：

Package libxml-2.0 was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing libxml-2.0.pc
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable

当我在终端中运行dpkg -L libxml2-dev时，我发现：

/usr
/usr/bin
/usr/bin/xml2-config
/usr/share
/usr/share/aclocal
/usr/share/aclocal/libxml2.m4
/usr/share/doc
/usr/share/doc/libxml2-dev
/usr/share/doc/libxml2-dev/copyright
/usr/share/man
/usr/share/man/man1
/usr/share/man/man1/xml2-config.1.gz
/usr/share/man/man3
/usr/share/man/man3/libxml.3.gz
/usr/lib
/usr/lib/x86_64-linux-gnu
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig/libxml-2.0.pc
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/xml2Conf.sh
/usr/include
/usr/include/libxml2
/usr/include/libxml2/libxml
/usr/include/libxml2/libxml/globals.h
/usr/include/libxml2/libxml/schematron.h
/usr/include/libxml2/libxml/xlink.h
/usr/include/libxml2/libxml/HTMLparser.h
/usr/include/libxml2/libxml/pattern.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlexports.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlschemas.h
/usr/include/libxml2/libxml/list.h
/usr/include/libxml2/libxml/entities.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlstring.h
/usr/include/libxml2/libxml/encoding.h
/usr/include/libxml2/libxml/hash.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlmemory.h
/usr/include/libxml2/libxml/relaxng.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlsave.h
/usr/include/libxml2/libxml/SAX2.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlIO.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlschemastypes.h
/usr/include/libxml2/libxml/xpathInternals.h
/usr/include/libxml2/libxml/schemasInternals.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlmodule.h
/usr/include/libxml2/libxml/valid.h
/usr/include/libxml2/libxml/c14n.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlwriter.h
/usr/include/libxml2/libxml/tree.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlunicode.h
/usr/include/libxml2/libxml/nanohttp.h
/usr/include/libxml2/libxml/catalog.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlerror.h
/usr/include/libxml2/libxml/nanoftp.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlautomata.h
/usr/include/libxml2/libxml/xinclude.h
/usr/include/libxml2/libxml/HTMLtree.h
/usr/include/libxml2/libxml/chvalid.h
/usr/include/libxml2/libxml/parserInternals.h
/usr/include/libxml2/libxml/xpointer.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlversion.h
/usr/include/libxml2/libxml/dict.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlregexp.h
/usr/include/libxml2/libxml/DOCBparser.h
/usr/include/libxml2/libxml/parser.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlreader.h
/usr/include/libxml2/libxml/SAX.h
/usr/include/libxml2/libxml/threads.h
/usr/include/libxml2/libxml/debugXML.h
/usr/include/libxml2/libxml/xpath.h
/usr/include/libxml2/libxml/uri.h
/usr/share/doc/libxml2-dev/README
/usr/share/doc/libxml2-dev/NEWS.gz
/usr/share/doc/libxml2-dev/AUTHORS
/usr/share/doc/libxml2-dev/TODO.gz
/usr/share/doc/libxml2-dev/changelog.Debian.gz
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so

尝试将其添加到PKG_CONFIG_PATH我尝试过： env PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig但这似乎不起作用。

Answer 1

好的，所以最后我不得不手动安装 libxml2，即使我的系统说它已经安装了最新版本： sudo apt-get install libxml2 libxml2-dev

我根据此处找到的信息手动安装：

wget ftp://xmlsoft.org/libxml2/libxml2-2.9.2.tar.gz

然后打包到一个目录，例如：

tar -xvf libxml2-2.9.2.tar.gz
cd libxml2-2.9.2

配置安装：

./configure --prefix=/usr --disable-static --with-history && make

和

sudo make install

在此之后，R 命令install.packages("devtools")成功完成。

Answer 2

根据您的 Linux 风格从下面选择并安装合适的库：-

• deb： libxml2-dev （Debian、Ubuntu 等）
• rpm: libxml2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
• csw: libxml2_dev (Solaris)

使用适当的命令安装，如 apt-get、yum 等。

Answer 3

在 R 提示符下，如果已安装libxml2-dev ，则此命令有效：

Sys.setenv(PKG_CONFIG_PATH="/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig")

Answer 4

对于安装 R 包“XML”的较窄问题，只需执行

 sudo apt-get install r-cran-xml

否则，从“devtools”的依赖项列表开始（例如，从这里开始）并一一安装这些依赖项。

Answer 5

我在 Fedora 31 上遇到了这个问题（截至 2020 年 4 月； xml2安装出错）。 安装libxml2-devel似乎为我解决了这个问题。

$ dnf install libxml2-devel

Answer 6

今天，4 年零 2 个月后，我遇到了完全相同的问题（即使在安装不同包 xml2 的情况下）。

仔细查看包的 .configure 脚本，我注意到以下一行配置测试失败：

echo "#include $PKG_TEST_HEADER" | ${CC} ${CPPFLAGS} ${PKG_CFLAGS} ${CFLAGS} -E -xc - >/dev/null 2>&1 || R_CONFIG_ERROR=1;

尽管所有使用的参数都具有正确且非空值，但仍然如此。

我不确定为什么这个测试会失败，但这似乎是一个错误（所以 Dirk Eddelbuettel 是对的）。 注释掉测试，让我可以手动安装包而没有任何进一步的问题。

Answer 7

如果您使用 conda env R ，则使用 conda 解决此问题。

conda install -c anaconda libxml2