Rcpp与英特尔MKL多线程

Question

我编写了一个C ++共享库，它使用英特尔MKL进行BLAS操作，并使用机器的所有12个核心进行精美的线程。 我现在正在尝试使用RCpp从我的库中调用一个函数，我发现它是单线程的。 同样，对于相同的数据，当从C ++调用相同的函数时，它会非常快速地使用所有12个内核，而当Rcpp调用它时，它是单线程的并且需要更长的时间（但结果是一致的）。

英特尔MKL动态链接到我的库：

Makefile文件：

LIBRARIES=-lpthread -Wl,--no-as-needed -L<directory>bin -liomp5 -L<bin_directory> -lmkl_mc3 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_gnu_thread -ldl  -lmkl_core  -lm  -DMKL_ILP64  -fopenmp
LFLAGS=-O3 -I/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/include -std=c++0x -m64

#Compiles the shared library
g++ -fPIC -shared <cpp files> -oliblibrary.so  $(LIBRARIES) -O3 -I/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/include -std=c++0x -m64

#Compile a controller for R, so that it can be loaded as dyn.load()
PKG_LIBS='`Rscript -e "Rcpp:::LdFlags() $(LIBRARIES) $(LFLAGS)"`' \
PKG_CXXFLAGS='`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"` $(LIBRARIES) $(LFLAGS) ' \
R CMD SHLIB fastRPCA.cpp -o../bin/RProgram.so -L../bin -llibrary

然后我在R中调用它：

dyn.load("fastRPCA.so", local=FALSE);

请注意我不希望将MKL设置为R的BLAS / LAPACK替代方案，因此当其他人使用此代码时，他们不必为所有R更改它。因此，我试图在其中使用它C代码。

如何在Rcpp中使程序多线程就像在R外部运行一样？

根据这一讨论，我担心这是不可能的。 但是，我想问一下，因为我相信由于英特尔MKL使用OpenMP，也许有一些方法可以使它工作。

Answer 1

使用R代码基本上有两个规则：

1. 创建一个包。

2. 遵守规则1。

你忽略了这些让你的生活变得艰难。

此外，CRAN上有很多使用OpenMP的软件包 - 研究它们。 您需要了解并了解线程设置 - 请参阅例如执行此操作的RhpcBLASctl包。

最后，您当然可以直接将R与MKL连接; 看看gcbd包及其插图 。

三年后编辑：有关在.deb系统上轻松安装MKL的详细信息，请参阅此文章