R中的netCDF文件

Question

我有从此处获得的netCDF文件，名称为precip.mon.total.v6.nc 。 我在R中使用ncdf包打开和分析文件。

 new <- open.ncdf("precip.mon.total.v6.nc")
    > new
    [1] "file precip.mon.total.v6.nc has 4 dimensions:"
    [1] "lat   Size: 360"
    [1] "lon   Size: 720"
    [1] "nbnds   Size: 2"
    [1] "time   Size: 1320"
    [1] "------------------------"
    [1] "file precip.mon.total.v6.nc has 1 variables:"
    [1] "float precip[lon,lat,time]  Longname:GPCC Monthly total of     precipitation Missval:-9.96920996838687e+36"

但是当我提取变量时，我得到了错误

      > get.var.ncdf(new, "precip")
Error: cannot allocate vector of size 2.5 Gb
In addition: Warning messages:
1: In double(totvarsize) :
  Reached total allocation of 2047Mb: see help(memory.size)
2: In double(totvarsize) :
  Reached total allocation of 2047Mb: see help(memory.size)
3: In double(totvarsize) :
  Reached total allocation of 2047Mb: see help(memory.size)
4: In double(totvarsize) :
  Reached total allocation of 2047Mb: see help(memory.size)

我的查询是：（a）如何处理内存问题？ （b）如何将该netCDF文件的分辨率从0.5 * 0.5更改为0.25 * 0.25数据？ 我已经在MATLAB中尝试过类似的问题。 对于netCDF文件，它可以比R更好地解决内存问题。 但是更改分辨率仍然是一个问题，因为我不擅长MATLAB。 在这方面的任何帮助，我将非常感谢。

Answer 1

提取变量时，需要指定所需的尺寸。 目前，您正在要求R获得所有内容，因此我怀疑它正在创建一个3D阵列，该阵列可能很大。

ncdf4软件包通常会取代ncdf，您应该尝试使用它代替。 您需要确定是要按时间读取数据还是按时间步读取数据。 这在普通的2D网格上更容易设想：

• 随时随地使用单个单元格
• 所有位置一次完成

您的时间跨度是3D网格（尽管第3维只有两个带），但是您的变量似乎未使用带维。 这是一个基于ncdf4的2D工作流程，忽略了您的乐队：

包：

install.packages("ncdf4")
library(ncdf4)

打开连接：

nc = nc_open("~/dir/dir/file.nc")

一次生成一个网格

阅读尺寸：

precip = list()
precip$x = ncvar_get(nc, "lon")
precip$y = ncvar_get(nc, "lat")

读取数据（注意start是开始的维度索引，count是从该点开始的观察数，因此这里我们在第一步中读取了整个网格）：

precip$z = ncvar_get(nc, "precip", start=c(1, 1, 1), count=c(-1, -1, 1))
# Convert to a raster if required
precip.r = raster(precip)

随时读取单个单元格

您需要找到单元precip$x引， precip$x和precip$y会有所帮助。 一旦拥有它（例如，单元格x = 5和y = 10）：

precip.cell = ncvar_get(nc, "precip", start=c(5, 10, 1), count=c(1, 1, -1))

Answer 2

（一）记忆：

如果在Linux机器上[sudo apt-get install cdo]（或安装了cygwin的Windows）上，则可以使用cdo来帮助您。

例如，如果您只对特定日期感兴趣，则可以先选择该日期以减小文件大小：

cdo seldate,date in.nc out.nc 

或者您可能想查看时间平均值：

cdo timmean in.nc out.nc 

这样可以减小文件的大小，然后您可以在R中打开它进行绘图（或使用ncview进行快速视图调查）。

（b）重新映射

cdo还可以将文件插值到0.25度（尽管我不确定为什么要这样做，因为您没有添加任何信息，并且使文件变大了四倍！！！）

cdo remapcon,r1440x720 in.nc out.nc

要么

cdo remapnn,r1440x720 in.nc out.nc

但是正如我所说，如果要进行插值以与另一个0.25度乘积（例如TRMM）进行比较，则最好采用另一种方法，并将更好的数据集插值至0.5度。

顺便说一句，2015年，GPCC的v7版本仍然是0.5度。