R-使用ggplot2在林图中的多个数据点

Question

示例数据：

df <- data.frame(Mean1=c(12,15,17,14,16,18,16,14),Lower1=c(8,11,13,7,15,12,12,11),Upper1=c(16,18,21,21,17,24,20,17),Mean2=c(13,16,18,15,17,19,17,15),Lower2=c(9,12,14,8,16,13,13,12),Upper2=c(17,19,22,22,18,25,21,18))
rownames(df) <- c(1,2,3,4,5,6,7,8)

我可以用df Mean1 Lower1和Upper1生成一个森林图：

ggplot(df, aes(y = row.names(df), x = df$Mean1)) +
     geom_point(size = 4) +
     geom_errorbarh(aes(xmax = df$Upper1, xmin = df$Lower1))

所以我的问题是：我怎么能包括Mean2 Lower2和Upper2从df的情节，这样无论是从每个观察点是指（行）表示为各自的误差棒对？ 因此，输出将是类似的森林图，但每个观察点的均值和误差极限均成对显示。 我希望这是有道理的。

我什么也没尝试，因为我根本不知道从哪里开始。

我可以执行而不会破坏数据帧的结构吗？

Answer 1

最自然的方法是使用position参数，但是它需要按变量而不是列名分组的值。 您可以将其添加到位：

ggplot(df,aes(x= rep(rownames(df), 2),
       y= c(Mean1,Mean2),
       group=rep(c(1,2), each=nrow(df)))) +
geom_point(position=position_dodge(1))+coord_flip()

但是更合适的方法是破坏数据帧的结构，这将使代码更简洁：

ggplot(df, aes(x = rownames, 
           y = Mean, 
           group=groups)) +
geom_point(size = 4, position=position_dodge(1))+
geom_errorbar(aes(ymax = Upper, ymin = Lower), position=position_dodge(1))+
coord_flip()

对于此示例，我进行了此data.frame转换：

df <- data.frame(Mean=c(df$Mean1,df$Mean2),
                 Lower=c(df$Lower1,df$Lower2),
                 Upper=c(df$Upper1,df$Upper2),
                 groups=factor(rep(c(1,2), each=nrow(df))),
                 rownames=as.character(rep(rownames(df), 2)))

Answer 2

我不确定您的意思，但是是否要在森林图的顶部绘制Mean2值？ 在这种情况下，您可以为第一个图分配一个值，假设为s1，然后像这样向其添加新数据（也许添加差异颜色）：

s1<-ggplot(df, aes(y = row.names(df), x = df$Mean1)) +
     geom_point(size = 4) +
     geom_errorbarh(aes(xmax = df$Upper1, xmin = df$Lower1))

s1 + geom_point(data=df, aes(y = row.names(df), x = df$Mean2)) + 
  geom_errorbarh(aes(xmax = df$Upper2, xmin = df$Lower2))

否则，您可以重组数据，然后添加facet_grid（。〜Sample）为样本（Mean1和Mean2）制作单独的图形

Answer 3

我不知道如何在不破坏数据框结构的情况下做到这一点，但是由于您的数据框不是整洁的数据，因此我建议还是进行更改。 然后，我得到以下内容可能会回答您的问题：

library(tidyr)
df$itemid <- rownames(df)
df <- gather(df, type, value, -itemid)
df <- separate(df, type, into=c("type", "grpid"), sep=-2)
df <- spread(df, type, value)

分步完成，因此更容易逐步执行以查看正在发生的情况。 然后，您可以使用以下方法进行绘制：

library(ggplot2)
ggplot(df, aes(y = paste(itemid, grpid), x = df$Mean, color = grpid)) +
     geom_point(size = 4) +
     geom_errorbarh(aes(xmax = df$Upper, xmin = df$Lower))