如何使用Python转换字符串中的每个字符

Question

我有一些字符序列，我想将它们转换为指定的章程。

Seq = "AA" #This the sequence of characters

def complement (Seq):
    for nuc in Seq: # converting the sequence of characters into the desirable character 
        if nuc == 'A':
           comp = 'T'
    return comp

print "The complement of the Sequence AA is", complement(Seq)

当我尝试运行上述代码时，代码无法识别整个字符序列，而是一次将其转换为“ T”； 但是，对于输入序列“ AA”，它仅执行一次“ T”

知道如何使代码将序列中的每个“ A”字符转换为“ T”吗？

我感谢您的帮助！

Answer 1

您的脚本有一些错误。 首先，变量comp没有初始值，并且仅返回一个“ T”（最后一个），因为每次在循环中找到“ A”时，另一个变量都会被替换。 据我了解，您正在尝试在同一字符串中替换某些值。 我发现使用您要替换的字符来构建新字符串更容易。

这是我的脚本：

Seq = "AA" #This the sequence of characters

def complement (Seq):
    comp = ''
    for nuc in Seq: # converting the sequence of characters into the desirable character 
         if nuc == 'A':
             comp += 'T'
         else:
             comp += nuc
    return comp

print "The complement of the Sequence AA is", complement(Seq)

Answer 2

首先，使用string.maketrans来构建转换表。 该函数采用两个字符串，并构建一个表，该表将第一个字符串的每个字符映射到第二个字符串中的对应字符。 现在，您可以将该表传递给要translate的字符串的translate方法。

>>> import string
>>> table = string.maketrans("ATCG", "TAGC")
>>> 'AAAGTC'.translate(table)
'TTTCAG'

Answer 3

因为在这种情况下，您只需将'T'放到comp ，最后将其返回：

    if nuc == 'A':
       comp = 'T'
return comp

但是，可以使用str.replace()作为更Python的方式：

>>> Seq = "AA"
>>> Seq.replace('A','T')
'TT'

如果您想根据条件将每个字符转换为特殊字符，则可以使用列表推导并join ：

>>> Seq = "AA"
>>> ''.join(['T' for i in Seq if i=='A'])
'TT'

同样根据您的任务，您可以有其他选择，例如使用regex。在这种情况下，python附带了re.sub()函数来替换基于regex的字符串。

Answer 4

当然，它只会是T 因为您的循环只是将T附加到comp而不是连接。

尝试这个：

Seq = "AA" #This the sequence of characters

def complement (Seq):
    comp = ""    <- declare empty string first
    for nuc in Seq:
        if nuc == 'A':
            comp += 'T'   <-- notice the +
    return comp

print "The complement of the Sequence AA is", complement(Seq)

这是有关字符串连接和格式化的基本教程。

Answer 5

如果要获得DNA序列的互补

complement = {"A":"T", "C":"G", "G":"C", "T":"A"}
seq = "ACGT"
complement_seq = "".join([complement[b] for b in seq])
complement_seq

这类似于

complement = {"A":"T", "C":"G", "G":"C", "T":"A"}
seq = "ACGT"
complement_seq = ""
for base in seq:
  complement_seq += complement[base]

complement_seq

你得到

TGCA

更好，使用biopython库

from Bio.Seq import Seq
my_seq = Seq("ACGT")
my_seq.complement()

你得到

Seq('TGCA', Alphabet())