如何通过单击可执行的 r 文件从 rmd 脚本编织 pdf？

Question

概要

我想通过单击文件/图标从 rmd 脚本生成一个 pdf 文件，这样我的同事就不会因为先打开 RStudio 而筋疲力尽。

问题

当我在 R-bloggers 上看到这个并让它工作时，我认为我正在接近完美的工作流程，从脚本编写到共享我的工作，让我的同事执行一个文件，结果得到一个带有更新数字的 pdf。 但是，我无法让它与 knitr 库中的某些功能一起使用。

最好的情况是这个问题只有少数人感兴趣，但这里是：

您可以在下面看到名为RexecKnit.Rmd的文件中的脚本。 它存在的唯一原因是，如果您愿意，您可以自己测试整个过程。 顺便说一下，我在 64 位 Windows 7 上运行 RStudio 版本 0.99.467。

---
title: "Executable R, rmd and pdf"
header-includes: \usepackage{caption} \usepackage{fancyhdr}
output: pdf_document
fig_caption: no
---

\addtolength{\headheight}{0.5cm} 
\pagestyle{fancyplain} 
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}

```{r Settings, echo = FALSE, eval = TRUE, results = "hide", warning = FALSE, message = FALSE}
rm(list=ls())

pck_loaded <- (.packages())

# Packages to load
pck_toload <- c('ggplot2', 'xts', 'quantmod', 'zoo', 'PerformanceAnalytics',
            'tseries', 'mvtnorm', 'data.table', 'XLConnect', 'sqldf', 'stargazer', 'xtable', 'gridExtra', 'grid', 'TTR')

# Load packages
for(i in 1:length(pck_toload)) {
   if (!pck_toload[i] %in% pck_loaded)
    print(pck_toload[i])
    library(pck_toload[i], character.only = TRUE)
}

```

\captionsetup[table]{labelformat=empty}

```{r repex1, echo = FALSE, eval = TRUE, results = "asis", warning = FALSE, message = FALSE, fig.width = 12, fig.height = 8}

# Data table with formatted numbers and text
v1 <- c("\\colorbox{white}{0.05}" , "\\colorbox{yellow}{0.57}", "\\colorbox{red}{-0.99}")
v2 <- c("An unexpected comment", "A qurious question", "And an insightful answer")
dt1 <- data.table(v1,v2)

# Data table using xtable
print(xtable(dt1,
      caption = 'Fancy table'),
      caption.placement = 'top',
      comment = FALSE,
      sanitize.text.function = function(x) x)
```

```{r repex2, echo = FALSE, eval = TRUE, results = "asis", warning = FALSE, message = FALSE, fig.width = 12, fig.height = 8}

# Data table wiht random numbers
dt2 <- data.table(replicate(2,sample(0:100,10,rep=TRUE)))

# ggplot of random numbers
plx <- ggplot(data=dt2 ,aes(x=V1, y = V2))
plx <- plx + geom_line(color = 'blue', fill = 'grey')
plx <- plx + theme_classic()
plx <- plx + labs(title="Random numbers", x="x-axis",y="y-axis")
plot(plx)
```

我知道这是一个很长的用于测试目的的脚本，但这只是为了确保在双击这个小美人后执行脚本时一切正常 这是一个名为caller knitr.Rexe的文件（就像在 R-Bloggers 帖子中一样），其中包含以下一小段代码：

library(knitr)
library(rmarkdown)
setwd('C:/repos/r_tutorials/executable R files')
knit('RexecKnit.Rmd')
Sys.sleep(3)

这按预期工作。 双击文件后，脚本将在不打开 R 或 Rstudio 的情况下运行，并在所需文件夹中生成一个 .md 文件。 当它存储为 .Rexe 文件和 .R 文件时，相同的脚本也能工作。 但问题来了：

我想生成一个 pdf，并根据这里的提示，替换

knit('RexecKnit.Rmd')

和

rmarkdown::render("RexecKnit.Rmd")

只要 YAML 标头包含以下内容，就应该可以解决问题：

output: pdf_document

它确实有效（意味着 pdf 是使用 lenghty 脚本中指定的每个细节创建的），至少当它作为 .R 文件运行时。 令我失望的是，它在从 .Rexec 文件运行时不起作用，如下所示：

library(knitr)
library(rmarkdown)
setwd('C:/repos/r_tutorials/executable R files')
rmarkdown::render("RexecKnit.Rmd")
Sys.sleep(3)

谢谢你看这个！

Answer 1

假设一个人已经在Windows机器上独立安装了pandoc （这在这种情况下是问题的根源），她可以通过以下方式进行：

首先：制作一个.R文件，内容如下

library(knitr)
library(rmarkdown)
setwd('C:/repos/r_tutorials/executable R files')
knit("RexecKnit.Rmd")

# render the generated markdown file.
render("RexecKnit.md")

Sys.sleep(3)

第二：制作一个.bat文件

创建一个 .bat 文件，说“my_bat_file.bat”，并包含下面的文本。 但是，必须调整路径：

"C:\R\R-3.2.2\bin\x64\R.exe" CMD BATCH --vanilla --slave "C:\path_to_your_file\your_file.R" "C:\path_to_your_file\your_file.Rout"

第三：指示Windows Task Scheduler

如果数据更新频繁，可以让Windows中的Task Scheduler每周在晚上的某个时间重复执行一次.bat文件，这样早上就有报告了。