带有C / C ++和openMP的R包：如何在“ mypackage / src /”文件夹下制作“ Makevars”文件？

Question

我正在Mac OSX上开发带有一些低级C/C++代码和openMP支持的R包。 C++代码是使用Rcpp软件包编写的。 我的全局“ Makevars”文件位于~/.R/文件夹下。 该文件如下所示。

CC=clang-omp
CXX=clang-omp++

PKG_CFLAGS=Wall -pedantic
PKG_CFLAGS= -fopenmp
PKG_CXXFLAGS= -fopenmp
PKG_LIBS= -fopenmp -lgomp

在这种配置下，一切正常！

但是，现在我想为它自己的编译生成特定于程序包的Makevars文件，以使程序包可移植。 我尝试的只是将全局Makevars文件移动到R pakcage src文件夹中。 但是，编译器抱怨找不到openMP头文件omp.h ：

** libs
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/bigmemory/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/BH/include"  -fopenmp -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
RcppExports.cpp:12:10: fatal error: 'omp.h' file not found
#include <omp.h>
         ^
1 error generated.
make: *** [RcppExports.o] Error 1
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/bigmemory/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/BH/include"  -fopenmp -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
RcppExports.cpp:12:10: fatal error: 'omp.h' file not found
#include <omp.h>
         ^
1 error generated.
make: *** [RcppExports.o] Error 1

如您所见，编译器变成clang和clang++ ，但不是Makevars文件中指定的： CC=clang-omp和CXX=clang-omp++ 。

问题1：那么我如何解决此问题并在R包中构建Makevars文件？

另一件事是，从编写R扩展中我注意到，

For example, a package with C code written for OpenMP should have in src/Makevars the lines

PKG_CFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)

问题2：例如，宏$(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)和标志-fopenmp什么-fopenmp ？ 我应该在哪种情况下使用？ 我试图用宏替换标志，但是仍然不能解决问题。

Answer 1

关于问题，我最喜欢的方法是从工作包中复制。 这是例如（推荐/核心）软件包mgcv的一部分：

PKG_LIBS =  $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)
PKG_CFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)

我和Andreas在较小的winsorize程序包（在GitHub上）中使用了相同的代码段。

关于问题2：第一种形式较为通用，将允许其他OpenMP实现。 它使用R在配置时发现可用的东西。

Answer 2

听起来您需要Dirk描述的Makemakes软件包。 对于您的本地环境，请〜/ .R / Makevars使用CC和CXX将C和C ++编译器设置为启用OpenMP的版本。

您的软件包（如果运用于CRAN，并且确实有没有为安装OpenMP版本的clang而战的所有Mac R用户）将不需要OpenMP，因此您的代码和编译器标志可能不应该假定其存在。