[英]How to change dendrogram labels in r
我在R中有一个树形图。它基于使用hclust的分层聚类。 我正在着色不同颜色的标签,但是当我尝试使用dendrogram = dendrogram %>% set("labels", dataframe$column)
)更改我的dedrogram的标签(到群集所基于的数据帧的行)时dendrogram = dendrogram %>% set("labels", dataframe$column)
标签被替换,但位置错误。 例如:
我的树形图看起来像这样:
___|___
| _|_
| | |
| 1 0
2
当我现在尝试更改上面指定的标签时,标签会更改,但它们会按照数据框中的顺序从左到右应用。 如果我们假设我的原始数据框看起来像这样
df:
Column1 Column2
0 1 A
1 2 B
2 3 C
我想要的是这个:
___|___
| _|_
| | |
| B A
C
但我真正得到的是:
___|___
| _|_
| | |
| B C
A
数据的聚类及其转化为树状图的过程如下:
> d <- stringdistmatrix(df$Column1, df$Column1)
> cl <- hclust(as.dist(d))
> dend = as.dendrogram(cl)
谁能告诉我如何用基于索引的另一列的值标记我的树状图?
dendextend包允许您使用以下内容直接更新树形图(以及hclust):
x <- c(1:5)
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))
if(!require(dendextend)) install.packages("dendextend")
library("dendextend")
labels(dend)
labels(dend) <- c(21:25)
labels(dend)
在您创建的hclust
对象中, cl
,您有一个名为“order”的元素,其中包含元素在树形图中的顺序。
如果要更改标签,则需要以相同的顺序( cl$order
)放置新标签,因此“新”树形图是正确的:
df$column2[cl$order]
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