将R和Ubuntu用于crontabs

Question

我想每天12h运行一个crontab。 因此，我使用以下语法定义了脚本的路径： 00 12 * * * sudo R CMD BATCH /home/.../test.R

为了测试我刚跑过：

sudo R CMD BATCH /home/.../test.R

并得到消息：

basename: extra operand ‘.R’
Try 'basename --help' for more information.

我尝试了许多组合，但似乎无济于事。 也许有人有建议？

Answer 1

您可能需要使用利特勒这是在Ubuntu上CRAN和可用的源。

我使用它已有7年以上的时间来推动（现在每两小时一次） CRANberries计划工作。 对于那个特定的我

# every few hours, run cranberries
11 */2 * * *    edd     ~/cranberries/cranberries.r

在/etc/crontab 。 您编写#!/usr/bin/env r的第一行，以便找到chmod 0755 nameOfThatFile.r中的r ，执行chmod 0755 nameOfThatFile.r ，现在可以执行该文件了。

当然，您也可以使用Rscript。 对于这两者，这里的许多其他问题都提供了示例。

哦，您可能不应该以root身份运行R作业...但是您的错误是sudo ：您需要sudo -c "cmd arg1 arg2 arg3" 。 但是然后您就不需要sudo因为您可以将工作作为root运行。 但是正如我所说，“不要那样做……”。