在R中绘制漂亮且对齐的彩色树状图

Question

我正在使用Sparcl包（ https://cran.r-project.org/web/packages/sparcl/sparcl.pdf ）在R中绘制树状图。在我的特定问题中，我正在根据一个条件对这些组进行聚类，并且我想通过基于另一个标准的着色进行可视化（这一点是为了表明集群与另一个特征重合（或不重合）。我已经能够使用Sparcl包做到这一点，以突出显示我想强调：

df <- read.delim("the_data_matrix.txt");
d <- dist(as.matrix(df))
hc = hclust(d)
y[]='black'
y[list_of_nodes$V1]='red' # This will allow me to color only certain branches red, leaving the others black

如果使用标准绘图功能进行绘图，则可以控制各种参数，例如使用hang和cex进行标签和文本大小设置（但不能为任何分支着色）（在图中为“ Dendrogram 1”）：

plot(hc,hang=-10,cex=.1)

另一方面，如果我在Sparcl中使用ColorDendrogram函数进行绘图，则可以得到彩色树状图，但会丢失格式设置选项（在图片中为“ Dendrogram 2”）：

ColorDendrogram(hc, y = y, branchlength = 4)

当我使用hang和cex来控制文本大小和位置时，ColorDendrogram给了我错误。 我的问题

有谁知道如何在Sparcl软件包中或另一个软件包中解决此问题？ 我希望具有ColorDendrogram具有的颜色灵活性，但又不要失去格式化功能。

Answer 1

尝试使用dendextend （ vignette ）软件包，它将为您提供所有的灵活性：

library(dendextend)
d1 <- mtcars %>% dist %>% hclust %>% as.dendrogram
d2 <- mtcars %>% dist(method="minkowski") %>% hclust(method="single") %>% as.dendrogram
vals <- grep("Merc", rownames(mtcars), val=T) # highlight branches leading to "Merc..."

par(mfrow=c(2, 1))
d1 %>% set("by_labels_branches_col", value = vals) %>% set("hang_leaves", -10) %>% set("labels_cex", .1) %>% plot
d2 %>% set("by_labels_branches_col", value = vals) %>% plot