调用 ladderize 函数后如何在 APE 中获得正确的提示标签顺序

Question

我正在尝试根据系统发育树中的提示标签对数据框的行进行排序。 我打算这样做的方法是使用类似于这个问题的答案的match函数，但是我卡住了，因为如果你使用ladderize重新排序节点， ape phylo 对象的tip.label属性不会改变功能。

library(ape)
tree <- read.tree(text = "(((A,B),(C,D)),E);")
tree2 <- ladderize(tree, right = FALSE)
tree$tip.label
#> [1] "A" "B" "C" "D" "E"
tree2$tip.label
#> [1] "A" "B" "C" "D" "E"

注意tip.label的顺序没有改变，即使树的视觉表示发生了改变。 在这个简单的例子中，在ladderize函数之后树的视觉顺序是EABCD （绘制后在树上从下到上阅读）。 如何获取tip.label向量的副本，其中的顺序反映了树中节点的新顺序？

Answer 1

看来关键是看edge属性。 提示总是第一个被赋予 ID 的节点，它将简单地对应于tip.label向量中的位置。

library(ape)
tree <- read.tree(text = "(((A,B),(C,D)),E);")
tree2 <- ladderize(tree, right = FALSE)
tree$tip.label
#> [1] "A" "B" "C" "D" "E"
tree2$tip.label
#> [1] "A" "B" "C" "D" "E"
plot(tree2)
nodelabels()
tiplabels()

第一步是从边缘矩阵的第二列中过滤掉内部节点：

is_tip <- tree2$edge[,2] <= length(tree2$tip.label)
#> [1]  TRUE FALSE FALSE  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE

ordered_tips <- tree2$edge[is_tip, 2]
#> [1] 5 1 2 3 4

然后你可以使用这个向量以正确的顺序提取提示：

tree2$tip.label[ordered_tips]
#> [1] "E" "A" "B" "C" "D"

Answer 2

我正在尝试根据系统树中的提示标签对数据框的行进行排序。 我要执行此操作的方法是使用match 该问题的答案类似的match函数，但是我卡住了，这是因为如果使用ladderize对节点重新排序，则ape门对象的tip.label属性不会改变功能。

library(ape)
tree <- read.tree(text = "(((A,B),(C,D)),E);")
tree2 <- ladderize(tree, right = FALSE)
tree$tip.label
#> [1] "A" "B" "C" "D" "E"
tree2$tip.label
#> [1] "A" "B" "C" "D" "E"

请注意，即使树的视觉表示发生了变化， tip.label的顺序也没有改变。 在这个简单的示例中， ladderize函数之后的树的视觉顺序为EABCD （绘制后从树的底部到顶部读取）。 我如何获得tip.label向量的副本，其中的顺序反映了树中节点的新顺序？