从文本文件中选择特定文本，BASH脚本

Question

我一直在集群上运行模拟，我想通过遍历所有集群节点并复制我需要的所有文件来检查临时结果。

我一直想做的是在键入qstat -rn u djsavic之后从文本文件中提取作业ID和节点名称作为字符串从一个文本文件中qstat -rn u djsavic ：

fermi: 
                                                                               Req'd    Req'd      Elap
Job ID               Username    Queue    Jobname          SessID NDS   TSK    Memory   Time   S   Time
-------------------- ----------- -------- ---------------- ------ ----- ------ ------ -------- - --------
59281.fermi          djsavic     xlarge   Smith2            30676     1      2    --  96:00:00 R 24:19:14
    fermi-node08/1+fermi-node08/0
59282.fermi          djsavic     xlarge   Smith2            30686     1      2    --  96:00:00 R 24:18:56
    fermi-node08/3+fermi-node08/2
59283.fermi          djsavic     xlarge   Smith2            30700     1      2    --  96:00:00 R 24:18:56
    fermi-node08/5+fermi-node08/4
59284.fermi          djsavic     xlarge   Smith2            30729     1      2    --  96:00:00 R 24:21:09
    fermi-node08/7+fermi-node08/6
59285.fermi          djsavic     xlarge   Smith2             9076     1      2    --  96:00:00 R 24:19:24
    fermi-node07/1+fermi-node07/0
59286.fermi          djsavic     xlarge   Smith2             9078     1      2    --  96:00:00 R 24:19:23
    fermi-node07/3+fermi-node07/2
59287.fermi          djsavic     xlarge   Smith2             9079     1      2    --  96:00:00 R 24:19:41
    fermi-node07/5+fermi-node07/4
59288.fermi          djsavic     xlarge   Smith2             9080     1      2    --  96:00:00 R 24:19:57
    fermi-node07/7+fermi-node07/6

实际上，该列表更长，大约80行。

我需要的是作业ID和节点名称，因此我可以将文件从目录fermi-node08/59281/复制到某个/location

经过大量的挖掘和搜索，到目前为止，我做了这样的事情：

for i in `qstat -rn -u djsavic`; do
    for j in `echo $i|grep fermi`; do
             echo $j|sed -r 's/(.{12}).*/\1/'|sed  's/.fermi//';
    done;
done

我得到的是这样的清单：

fermi:
59281
fermi-node08
59282
fermi-node08
59283
fermi-node08
59284
fermi-node08
59285
fermi-node07
59286
fermi-node07
59287
fermi-node07
59288
fermi-node07

此时，我想将文件从所有/fermi-node##/JobID/复制到所需的位置，并还要从列表的顶部删除此fermi: 我是bash脚本的新手，如果有人可以在最后一步帮助我，我将不胜感激。

提前致谢。

Answer 1

awk解救！

如果您输入的是这种形式（记录在两行中）和三行标题，则可以使用此方法提取所需的信息

$ awk 'NR>3{ if(!(NR%2)) {sub(".fermi","",$1); n=$1}
              else {sub("/.*","",$1); print $1"/"n}}' file

fermi-node08/59281
fermi-node08/59282
fermi-node08/59283
fermi-node08/59284
fermi-node07/59285
fermi-node07/59286
fermi-node07/59287
fermi-node07/59288

您可以在while循环中使用它进行进一步处理，例如

$ while read f; do echo $f; done < <(awk ...)

只需将echo $f替换echo $f您想要的操作即可。

更新：如果标题行不固定，则可能更健壮

$ awk '/^[0-9]*\.fermi/ {sub(".fermi","",$1); n=$1; next}
                       n{sub("/.*","",$1); print $1"/"n;n=""}' file