ggplot2：将geom_dotplot与facet_grid一起使用时，没有自由轴缩放

Question

我一直试图使用facet_grid一起生成一系列点图。 这样做，我注意到geom_dotplot似乎没有响应facet_grid的scales =“free_y”参数。

这是一些示例代码：

require(ggplot2)

#Example data
set.seed(3)
df = data.frame(Gene = rep(c("a", "b", "c", "d"), each=20),
                ToD = rep(c("Morning", "Evening"), times = 40),
                Expression = c(runif(20, min=0, max=10),
                               runif(20, min=0, max=1),
                               runif(20, min=0, max=1000),
                               runif(20, min=0, max=100)))

#Box plots of example data
ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression)) +
    geom_boxplot() +
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")

#Dot plots of example data
ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression)) +
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole") +
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")

这里是我正在使用的R和ggplot2的版本：

• R版本3.2.2（2015-08-14）
• ggplot2_1.0.1.9003

因此，当我生成箱形图时，一切都按预期工作，y轴适当地缩放为每个构面行：

但是，点图对于每个构面行保持相同的y轴刻度：

我已经读过ggplot2中的一个已知错误，其中coord_flip和facet_grid在指定自由比例时不能一起工作。 这与同样的问题有关吗？

虽然我可以单独生成每个图，然后将它们与grid.arrange组合，但这对我的目的来说很麻烦。 我试图将这些点图与其他刻面图拼接在一起，我想避免使用grid.arrange重新生成所有这些图。 有什么想法吗？

感谢您提供的任何帮助，如果我能提供任何进一步的说明，请告诉我。

Answer 1

我一直在阅读?geom_dotplot的文档。 显然，binpositions-option可以设置为“all”（所有数据合在一起）或“bygroup”; 默认。 因此，使用Gene作为组和facet，binpositions可以变化，并且至少返回自由y轴：

ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression, group=Gene)) +
  geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole", binpositions="bygroup") +
  facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")

但现在x轴上的分组消失了。 可能有一个更好的解决方案，但Gene和ToD之间的交互分组似乎可以解决它：

 ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression, group=interaction(Gene,ToD))) +
  geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole", binpositions="bygroup") +
  facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")