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[英]How do I make sure the Graphviz executables are on my system's PATH?
[英]"RuntimeError: Make sure the Graphviz executables are on your system's path" after installing Graphviz 2.38
我下载了Graphviz 2.38
MSI 版本并安装在文件夹C:\Python34
下,然后我运行pip install Graphviz
,一切顺利。 在系统路径中,我添加了C:\Python34\bin
。 当我尝试运行测试脚本时,在filename=dot.render(filename='test')
行中,我收到一条消息
RuntimeError: failed to execute ['dot', '-Tpdf', '-O', 'test'], make sure the Graphviz executables are on your systems' path
我尝试将"C:\Python34\bin\dot.exe"
放入系统路径,但没有成功,我什至创建了一个新的环境变量"GRAPHVIZ_DOT"
,其值为"C:\Python34\bin\dot.exe"
,还是不行。 我尝试卸载 Graphviz 和pip uninstall graphviz
,然后重新安装并再次 pip install ,但没有任何效果。
整个回溯消息是:
Traceback (most recent call last):
File "C:\Python34\lib\site-packages\graphviz\files.py", line 220, in render
proc = subprocess.Popen(cmd, startupinfo=STARTUPINFO)
File "C:\Python34\lib\subprocess.py", line 859, in __init__
restore_signals, start_new_session)
File "C:\Python34\lib\subprocess.py", line 1112, in _execute_child
startupinfo)
FileNotFoundError: [WinError 2] The system cannot find the file specified
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\Documents\Kissmetrics\curves and lines\eventNodes.py", line 56, in <module>
filename=dot.render(filename='test')
File "C:\Python34\lib\site-packages\graphviz\files.py", line 225, in render
'are on your systems\' path' % cmd)
RuntimeError: failed to execute ['dot', '-Tpdf', '-O', 'test'], make sure the Graphviz executables are on your systems' path
有没有人有这方面的经验?
您应该在系统中安装 graphviz 包(不仅仅是 python 包)。 在Ubuntu上,您应该尝试:
sudo apt-get install graphviz
import os
os.environ["PATH"] += os.pathsep + 'D:/Program Files (x86)/Graphviz2.38/bin/'
在 Windows 中,只需在开头添加这两行,其中'D:/Program Files (x86)/Graphviz2.38/bin/'被替换为 bin 文件所在的地址。
这样就解决了问题。
这个应该解决MAC上的问题:
brew install graphviz
对于 Windows:
graphviz
包C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin
添加到用户路径C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin\dot.exe
到系统路径这对我有用!
尝试使用:
conda install python-graphviz
如果您使用pip install graphviz
,那么 graphviz 可执行文件位于与您的 conda 目录不同的路径上。
第 1 步:安装 Graphviz 二进制文件
视窗:
Linux:
第 2 步:为 python 安装 graphviz 模块
点:
康达:
OSX Sierra、Python 2.7、Graphviz 2.38
使用pip install graphviz
和conda install graphviz
都可以解决问题。
pip
只会遇到与您相同的路径问题,而conda
只会遇到导入错误。
这显示了一些路径问题:
pip install graphviz
所以这对我有用:
sudo apt-get install graphviz
只需将以下内容添加到 Windows 上的环境变量(系统) PATH
C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin
在那里,您可以找到.exe文件
如果不工作
在您的程序文件中找到Graphviz2.38/bin文件夹,而不是在python lib中
然后,添加到您的PATH
找到 .exe 文件所在的文件夹很重要
使用conda install graphviz
和conda install python-graphviz
在 Windows10 上安装 GraphViz 所需的路径是C:/ProgramData/Anaconda3/Library/bin/graphviz/对我来说。 即添加
import os
os.environ["PATH"] += os.pathsep + 'C:/ProgramData/Anaconda3/Library/bin/graphviz/'
为我解决了这个问题。
尝试conda install graphviz
。 我有同样的问题,我通过 MacOS 中提到的命令解决了它。
在 Ubuntu Linux 上,这为我解决了这个问题:
pip install graphviz
sudo apt-get install graphviz
如果使用 Anaconda,您也可以尝试conda install -c conda-forge graphviz
而不是 pip。
我在 macOS Catalina 10.15.3 上,我遇到了类似的错误: ExecutableNotFound: failed to execute ['dot', '-Tsvg'], make sure the Graphviz executables are on your systems' PATH
修复它:
pip3 install graphviz
和brew install graphviz
请注意pip3 install
只会返回成功消息Successfully installed graphviz-0.13.2
所以我们仍然需要运行brew install
来获取 graphviz 2.42.3(截至 2020 年 3 月 10 日下午 6 点)。
conda install python-graphviz
对于 Windows,安装 Python Graphviz,它将在路径中包含可执行文件。
在为自己解决这个问题时,我使用了这个 GitHub 教程,它分析了这个问题的原因。 如果我们在字里行间读到,它说它需要系统以及python图形即。 除了conda install
,我们还需要运行:
conda install -c conda-forge python-graphviz
然后重启内核; 它就像一个魅力。
1) Graphviz – 在系统中的特定位置下载解压缩(pip 在 windows 中不起作用)并在每个程序中手动设置的路径中包含 bin 文件夹(“在 windows 中设置环境变量”或)
import os
os.environ["PATH"] += os.pathsep + 'C:/GraphViz/bin'
2)然后把模型绘制
clf = xgb.train(params, d_train, 1000, evals=evallist, early_stopping_rounds=10)
xgb.plot_tree(clf)
plt.rcParams['figure.figsize'] = [50, 10]
plt.show()
我在使用 Jupyter 的 Linux 上遇到了同样的问题。
为了解决它,我将点库添加到 python sys.path
首先:检查是否安装了dot
,
然后:
找到他的路径whereis dot
-> /local/notebook/miniconda2/envs/ik2/bin/dot
最后在 python 脚本中: sys.path.append("/local/notebook/miniconda2/envs/ik2/bin/dot")
在 Windows 环境下,使用 Chocolately 安装,它会确保环境变量设置正确。
choco install graphviz
首先,你应该使用 pip install,然后在http://www.graphviz.org/Download_windows.php下载另一个包并将安装位置添加到环境路径中,然后它就可以工作了。
我在 Mac OS (El Capitan) 上使用 PyCharm IDE 时遇到了同样的错误消息。 我已经按照 RZK 的回答中的建议使用 brew 安装了 Graphviz,并使用 PyCharm 安装了graphviz python 包(我可以通过在终端中尝试dot -V
并获取: dot - graphviz version 2.40.1 (20161225.0304)
来检查 Graphviz 是否正确安装)。 然而,当我尝试从 PyCharm 调用 Graphviz 时,我仍然收到错误消息。
我必须在 PyCharm 选项中添加路径 /usr/local/bin ,按照此问题的答案中的建议来解决问题。
将graphviz添加到系统路径
例如:C:\Users\AppData\Local\Continuum\anaconda3\Library\bin\graphviz
尝试在anaconda提示符中一一键入以下代码。
这对我有用。
资料来源: https ://anaconda.org/conda-forge/python-graphviz
conda install -c conda-forge python-graphviz
conda install -c conda-forge/label/broken python-graphviz
conda install -c conda-forge/label/cf201901 python-graphviz
conda install -c conda-forge/label/cf202003 python-graphviz
之后重启内核!
我正在使用 windows10 ,我尝试在程序文件中安装 graphwiz 并设置路径:对我不起作用
试过了
conda install -c anaconda graphviz
不起作用。
然后试了
conda install python-graphviz
它起作用了,看来我们的 python 编译器无法访问 Graphwiz。 因此python-graphwize
起作用了。 pip install graphviz
也没有工作。
对于没有 root 访问权限的 Linux 用户,因此无法按照其他答案中的建议使用sudo
命令...
首先,通过以下方式激活您的 conda 虚拟环境(如果您想使用):
source activate virtual-env-name
然后安装 graphviz,即使您已经使用 pip 完成了它:
conda install graphviz
然后复制以下命令的结果:
whereis dot
就我而言,它的输出是:
/home/nader/anaconda2/bin/dot
并将其添加到您的 PATH 变量中。 只需运行以下命令
nano ~/.bashrc
并将这些行添加到打开的文件的末尾:
PATH="/home/username/anaconda2/bin/dot:$PATH"
export PATH
现在按Ctrl + O然后按 Ctrl + X保存并退出。
问题现在应该解决了。
Pycharm 用户,请注意:Pycharm 并不总是看到 PATH 变量与您的终端相同。 此解决方案不适用于 Pycharm,可能还有其他 IDE。 但是你可以通过添加这行代码来解决这个问题:
os.environ["PATH"] += os.pathsep + '/home/nader/anaconda2/bin'
到你的 python 程序。 不要忘记
import os
第一的 :)
编辑:如果您不想使用 conda,您仍然可以从此处安装 graphviz,无需任何 root 权限,并将 bin 文件夹添加到您的 PATH 变量中。 我没有测试这个。
1.从: https ://graphviz.gitlab.io/_pages/Download/Download_windows.html安装windows包并下载msi文件
添加环境变量 2. 添加 C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin 到用户路径
将 C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin\dot.exe 添加到系统路径
重新启动你的 python 笔记本。
它会起作用的。
操作系统 Mojave 10.14,Python 3.6
使用pip install graphviz
在终端有很好的反馈,但是当我尝试在 Jupyter 笔记本中制作图表时导致了这个错误。 然后我运行brew install graphviz
,它在终端中出现错误。 然后我运行conda install graphviz
并且图表工作了。
来自@Leighton 的评论: pip 只会遇到与您相同的路径问题,而 conda 只会遇到导入错误。
#Write this on anaconda prompt in admin mode
conda install -c anaconda graphviz
conda install -c conda-forge python-graphviz
conda install -c conda-forge/label/broken python-graphviz
conda install -c conda-forge/label/cf201901 python-graphviz
conda install -c conda-forge/label/cf202003 python-graphviz
#check dot -v in window's cmd prompt
C:\WINDOWS\system32>dot -V
dot - graphviz version 2.38.0 (20140413.2041)
(this means graphviz installed successfully)
#Add path to sys and user eve variables
PATH
C:\Anaconda3\pkgs\graphviz-2.38-hfd603c8_2\Library\bin
(search bin folder of graphviz and then copy n paste path in env variables)
#Re-run all cmds in jyupter notebook
#if error occurs (less chances)
#then
#Restart anaconda and again run all cmds in jyupter notebook
eg.
import graphviz as gp
with open("tree.dot") as f:
dot_read=f.read()
display(gp.Source(dot_read))
当我第一次安装 pydot 和 graphviz 时,它向我显示了错误,但下面的命令对我有用:
import os
os.environ["PATH"] += os.pathsep + r'C:\Users\vivek\Downloads\graphviz-2.44.1-win32\Graphviz\bin'
import os
os.environ["PATH"] += os.pathsep + "/Macintosh HD/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/sphinx/templates/graphviz"
这为我解决了 MAC 上的 PATH 问题!
如果您使用的不是 Conda 而是 vanilla Python,则“brew install graphviz”可以使用。
麦克和大苏尔。 Python 3.8.6 w/vs 代码。 虽然它应该包含在图表包中,但我必须手动安装 graphviz。
(mymltools) ➜ infrastructure git:(master) pip list
Package Version
---------- -------
diagrams 0.18.0
graphviz 0.13.2
Jinja2 2.11.2
MarkupSafe 1.1.1
pip 20.3.2
setuptools 51.0.0
wheel 0.36.2
运行图表失败。 然后手动运行
pipenv install graphviz
奇迹般有效。
MACOS - 蒙特雷解决方案
pip install graphviz
brew install graphviz
import os
os.environ["PATH"] += os.pathsep + "/usr/local/Cellar/graphviz/2.49.3/bin/dot"
(在修复错误之前,您必须每次运行此操作。)棘手的部分是找到点文件。 它是 brew 安装包的位置。 (但它应该类似于我给出的路径。)运行测试:
import mglearn as mglearn
mglearn.plots.plot_animal_tree()
希望你现在可以走了!
您可以在 Anaconda 提示符下使用以下命令:
康达安装 python-graphviz
并确保在 Anaconda 提示符下安装 pm4py:
点安装 pm4py
最后你必须尝试使用 Anaconda propmpt 运行你的 python 代码。
对于 Windows,这两个命令对我有用,在以管理员身份运行的 power shell 中。
点安装graphviz
巧克力安装graphviz
尝试在 python import sys !conda install --yes --prefix {sys.prefix} graphviz import graphviz
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