如何在R编程中将当前文件位置设置为默认工作目录？

Question

我想将当前文件位置作为工作目录。

使用Rstudio（Works！）：

# Author  : Bhishan Poudel
# Program : writehere.r
# Source  : Rscript writehere.r

# set working directory here
this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile) # frame(3) also works.
setwd(this.dir)

# Sample data to test this code
mydata <- seq(1:10)
write.csv(mydata,"writehere.dat")
#This works flawlessly in  MacOS 10.9 and Ubuntu 15.1.

使用来自终端的命令：Rscript writehere.r（不起作用！）

Error in dirname(parent.frame(2)$ofile) : 
  a character vector argument expected
Execution halted


------------------
(program exited with code: 1)

使用终端命令：Rscript writehere.r（立即工作！）

# Author  : Bhishan Poudel
# Program : writehere.r
# Source  : Rscript example.r

# set working directory here
this_dir <- function(directory)
setwd( file.path(getwd(), directory) )

# Sample data to test this code
mydata <- seq(1:10)
write.csv(mydata,"writehere.dat")

使用〜/ .Rprofile里面的函数为Rstudio（Works！）:,

##############################################
# inside ~/.Rprofile
# set up working directory
setwd_thisdir <- function () {
  this.dir <- dirname(parent.frame(3)$ofile)
  setwd(this.dir)
} 
##############################################

然后，在任何目录中，假设我有一个文件writehere.r，现在它可以工作。

# Author  : Bhishan Poudel
# Program : writehere.r
# Compile : Rscript writehere.r

# set working directory here
setwd_thisdir

# Sample data to test this code
mydata <- seq(1:10)
write.csv(mydata,"writehere.dat")

问题：为什么功能

this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile) # frame(3) also works.
setwd(this.dir)

不适用于Rstudio以外的文本编辑器？

一些有用的链接如下：
R将工作目录设置为源文件位置？
R命令用于将工作目录设置为源文件位置
获取`source`d文件的文件名和路径
当前工作目录中的setwd（）
“将工作目录设置为源文件位置”的命令
SublimeText和R：设置当前文件目录
通过函数设置工作目录
什么是永久设置R工作目录的万无一失的方法？
R将工作目录设置为源文件位置？
如何进入R中的文件目录？

Answer 1

尝试在函数中使用parent.frame(3) ：

setwd_thisdir <- function () {
  this.dir <- dirname(parent.frame(3)$ofile)
  setwd(this.dir)
}

请参阅?parent.frame或http://adv-r.had.co.nz/Environments.html#calling-environments 。

您还可以查看source函数的chdir选项（ ?source ）。

Answer 2

更新：我意识到这个答案根本没有帮助，我会发布另一个可以解决问题的方法。

在你想要运行的代码不需要任何其他参数的情况下，如下所示的解决方案，使用eval(expr, envir)可能会有所帮助。

请考虑以下使用print(environment())示例，该示例应在命令行上使用时返回environment: R_GlobalEnv 。 函数test_1将打印有关调用函数时创建的内部环境的信息，而函数test_2将返回所需的结果。

test_1 <- function(){
     print(environment())
}

test_2 <- function(){
    .expr <- quote({
        print(environment())
        })
    .envir <- sys.frame(which = -1)
    eval(expr = .expr,
         envir = .envir)
}

sys.frame(which = -1)确保在调用函数的环境中计算表达式。 如果您确定总是想要使用全局环境，那么最好使用.GlobalEnv 。 引用您想要使用的表达式也很重要，否则它可能无法正常工作。

这个解决方案的一个很好的功能是你不需要调整你想要放入函数的代码，只需引用它。

最后：可以扩展这种方法，以便您的函数可以接受参数，然后将该参数提供给您想要在另一个环境中评估的代码。 然而，这需要对要评估的表达式进行一些非平凡的调整; 你可能需要使用bquote + .()构造 - 你可能还需要使用call和do.call 。

Answer 3

我给出的第一个答案完全忽略了这一点，因为我没有密切关注你想要实现的目标。 然而，这里提出的解决方案应该是诀窍。

首先请注意， source有一个参数chdir ，在帮助文件中描述为：logical; 如果为TRUE且file是路径名，则R工作目录将临时更改为包含用于评估的file的目录。

要在每次要源文件时手动指定该参数都会很麻烦，所以让我们在.Rprofile中添加一些内容，将chdir的默认值从FALSE更改为TRUE 。

formals -function可用于修改默认值，但是当在属于某个其他环境的函数上使用时，结果将是创建函数的本地副本。 这还不够好。

这可能是解决这个问题的几种方法，但是当我将它插入.Rprofile时，下面的一些source就可以解决这个问题。

.temporary_copy_source <- base::source
formals(.temporary_copy_source)$chdir <- TRUE
utils::assignInNamespace(
    x = "source",
    value = .temporary_copy_source,
    ns = environment(source))
rm(.temporary_copy_source)

一句警告：此处介绍的方法原则上允许用户修改任何函数中任何参数的默认值，但这样做是一个非常糟糕的主意。 请记住，您的脚本稍后可能会与没有相同.Rprofile的人共享。 永远不要编写需要对名称空间进行此类修改的代码！

Answer 4

我写了另一个答案因为你改变了你的问题。 有两个有用的事实：

1. ofile是source函数环境中的变量，因此只有在使用source函数运行某些脚本时才能使用它。
2. 从终端运行脚本时，工作目录将设置为终端中的当前目录。

那么，评论你的观察：

1. 使用Rstudio（Works！）。 如果按Source （使用source功能），则为Yes，但如果按Run （仅运行R控制台中的命令）则不会。
2. Rscript writehere.r（不起作用！）。 那是因为你正在寻找ofile没有到呼叫source 。
3. Rscript writehere.r（立即工作！）。 是的，但它只是按事实2工作 ：代码this_dir <- function(directory) setwd( file.path(getwd(), directory) )是不必要的，因为它只是一个名为this_dir的函数的定义。
4. Rstudio（作品！）。 第一部分：好的。 第二部分。 它只是按事实2运作。 特别是setwd_thisdir是不必要的，因为它只是将setwd_thisdir的主体打印到控制台。

总结setwd(dirname(parent.frame(2)$ofile))是一个有用的技巧，当您使用source函数获取脚本，但无法访问source函数选项时：例如，当您在R-中按Source时工作室。 如果可能，请使用chdir=TRUE的source函数。 如果您运行脚本表单终端只需将终端设置为脚本文件夹。

Answer 5

简单地说，使用rstudio API，提取其目录，并将其设置为工作目录，如下所示：

setwd(dirname(rstudioapi::getSourceEditorContext()$path))

验证是否通过以下命令正确设置了目录：

getwd()