无法永久更改 R (OS X) 中的 CRAN 存储库

Question

我正在努力弄清楚为什么我无法在我的 OS X 10.11.3 系统上永久更改 R 中使用的 CRAN 存储库。 我已经按照 web 中的说明进行操作，例如这个 SO question和this SO question以及这个网页，并将其放入 my.Rprofile 文件中：

# Change the default repository
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "https://cran.cnr.berkeley.edu/" 
       options(repos=r)
})
print(getOption("repos"))

这个片段几乎直接来自 R 自己的example("Startup")的东西，而且它确实看起来应该可以工作。 我把它作为我的.Rprofile的第一件事，而我的 .Rprofile 的.Rprofile是微不足道的，不会触及这个选项。 如果我退出重新启动 R.app，我会从我的print语句中看到这个 output，在启动的适当位置：

                            CRAN 
"https://cran.cnr.berkeley.edu/" 

所以看起来很棒，对吧？ 不幸的是，如果我然后输入getOption("repos")我得到这个：

                              CRAN 
"http://cran.parentingamerica.com" 

不幸的是， parentingamerica.com镜像似乎已经死了，至少今天是这样。 有人在我的.Rprofile之后设置选项，我不知道是谁。 我没有~/.RData文件； 启动时没有加载任何工作区。 我没有.Rprofile.site文件，R 安装中的Renviron文件是默认文件，没有提及“parentingamerica.com”，也没有设置"repos"选项。 事实上，我已经在我的整个R.framework目录上对任何包含“parentingamerica”的文件进行了查找/grep，并且空手而归。 我的R_HOME/etc/目录中只有 Makecof、Renviron、javaconf、ldpaths 和存储库。 我不确定该存储库文件的确切用途，但它不包含“parentingamerica”。

整个上午我都在转来转去。 知道这个 %^$@* parentingamerica.com 选项是从哪里来的，我怎么能把它杀死？

Answer 1

我将启动面板状态的图像粘贴到您的答案中。 然后我在文本上退格并关闭首选项对话框，退出 R，并编辑我的 .Rprofile 文件以包含以下行：

options(repos="https://cloud.r-project.org/")

然后我打开了一个 R.app 会话并看到了这个结果：

> getOption('repos')
[1] "https://https://cloud.r-project.org/"

首选项/启动面板显示默认的 CRAN 镜像设置保持空白。 所以在我看来，首选项设置的行为确实允许您使用 .Rprofile 来选择默认存储库，如果这是您选择的策略。 （我还检查了包安装程序是否支持此 repo 设置。）

Answer 2

在写这篇文章的最后，我突然想到要检查 R.app 的各种设置和首选项。 在那里，在 R.app 首选项的启动面板中，是“默认 CRAN 镜像”，设置为http://cran.parentingamerica.com 。 啊。 谢谢，R.app！ 没有明显的方法可以关闭它并让它只使用我的.Rprofile的一个； 但至少我可以在那里改变它并且它有效。 发布此信息以帮助其他走同一条路的人。

Answer 3

如果 .Rprofile 未在 Mac OS X 上加载，另一件要检查的事情（如果 42 的解决方案不起作用）是检查主目录的路径。 关于这个问题的许多帮助文件都提到

file.path(R.home(), ".Rprofile")

指向 /Library/Frameworks/R.framework/Resources/.Rprofile

但是如果您将其指向 /Users/yourname/.Rprofile，它应该可以工作：

file.path(Sys.getenv("HOME"), ".Rprofile")

Answer 4

我在 my.Rprofile 中有类似的代码，无论出于何种原因都没有被识别。 试试这个，它最终为我工作：

utils::setRepositories(ind = 0, addURLs = c(CRAN = "https://cran.cnr.berkeley.edu/"))

ind = 0表示您只想要本地存储库。 附加存储库可以包含在addURLs =选项中，并在字符向量中以逗号分隔。