如何制作一组三元组的列并对其应用功能

Question

我有一个mycols的数据mycols 。 您可以看到mycols具有^SQN ， ^WES和^WGS列集。 我想以相同的顺序制作SQN ， WES和WGS列的三元组（我不想包含(Pile:up)$和:AD$列）（您可以看到SQN，WES和WGS的扩展名相同）每一套）跨mycols 。 换句话说，我想组成一组具有相同扩展名的SQN，WES和WGS。 然后，我有了一个名为myfunc的函数。 我想将该函数应用于由此形成的每个三元组。

mycols<- c("SQN:IDH2:G515T:R172M","WES:IDH2:G515T:R172M"    ,"WES:IDH2:G515T:R172M:AD:(Pile:up)", "WGS:IDH2:G515T:R172M","SQN:JAK1:A1432T:T478S",   "WES:JAK1:A1432T:T478S" ,"WES:JAK1:A1432T:T478S:AD:(pile:up)","WGS:JAK1:A1432T:T478S","SQN:JAK1:T1868C:V623A","WES:JAK1:T1868C:V623A","WES:JAK1:T1868C:V623A:AD","WES:JAK1:T1868C:V623A:AD:(Pile:up)",  "WGS:JAK1:T1868C:V623A")

结果：

triplet1
"SQN:IDH2:G515T:R172M",   "WES:IDH2:G515T:R172M", "WGS:IDH2:G515T:R172M" 
triplet2
"SQN:JAK1:A1432T:T478S","WES:JAK1:A1432T:T478S","WGS:JAK1:A1432T:T478S",
triplet3
"SQN:JAK1:T1868C:V623A","WES:JAK1:T1868C:V623A","WGS:JAK1:T1868C:V623A"

所以我可以简单地将函数调用为Triplet1，Triple 2，Triple3 ...

Answer 1

我们可以使用grepl获得不具有'P（p）ile：up'或'AD'（最后）的字符串的逻辑索引。 用“ i1”子集“ mycols”。 创建使用分组变量sub通过删除与所述字母字符包括第一启动前缀部分:然后split的“mycols1”。

i1 <- !grepl('(?i)(P)ile|AD$', mycols)
mycols1 <- mycols[i1]
split(mycols1, sub('[^:]+:', '', mycols1))
#$`IDH2:G515T:R172M`
#[1] "SQN:IDH2:G515T:R172M" "WES:IDH2:G515T:R172M" "WGS:IDH2:G515T:R172M"

#$`JAK1:A1432T:T478S`
#[1] "SQN:JAK1:A1432T:T478S" "WES:JAK1:A1432T:T478S" "WGS:JAK1:A1432T:T478S"

#$`JAK1:T1868C:V623A`
#[1] "SQN:JAK1:T1868C:V623A" "WES:JAK1:T1868C:V623A" "WGS:JAK1:T1868C:V623A"