R / ggplot2：卡在定义的颜色上

Question

我是R的新手。我的目标是创建一个带有回归线和置信椭圆的漂亮的xy-散点图。 我设法自学了如何使用ggplot2创建xy曲线，回归线和圆，但是现在我对颜色仍然有所了解。

在带有随机数的示例中，我有4个数据组，并且我想更改颜色。 我设法使用colorbrewer更改了它们，但是我不喜欢它们的任何预设，而是想要定义自己的预设。

到目前为止，这是我的代码，其中包括colorbrewer：

library(ggplot2)
data = read.csv("test.csv")
data$type <- factor(data$type, levels=c("bbb","ccc","aaa","ddd"))
g = aes(x=alpha, y=beta, color=type, group=type)
p_test <- ggplot(subset(data, id %in% c("a1", "b1"))) +
    geom_point(g) +
    stat_ellipse(g) +
    geom_smooth(g, method=lm, se=FALSE) +
    scale_color_brewer(palette="Set3") +
    expand_limits(x=c(1,11), y=c(1,11)) +
    xlab(expression(paste(italic(blah[p]), " in q ", r^-1))) +
    ylab(expression(paste(lambda, " in K ", l^-2*M^-3))) +
    ggtitle("blahblah") +
    theme(legend.justification=c(0,1), legend.position=c(0,1), legend.title=element_blank())

数据表是这样的：

> data

  id alpha beta type
1  a1   1.2  1.1  aaa
2  a1   6.6  3.4  bbb
3  a1   3.7  6.4  ccc
4  a1   2.7  6.4  aaa
5  a1   5.3  6.3  bbb
6  a1   4.5  8.1  ccc
7  a1  10.5  9.0  bbb
8  a1   9.9  5.3  aaa
9  a1   2.8  5.3  bbb
10 a1   5.4  1.6  ccc
11 a1   3.4 10.7  aaa
12 a1   8.0  4.0  bbb
13 a1   6.1  6.5  ccc
14 a1   8.8  9.0  bbb
15 a1   8.1  1.1  aaa
16 a1   4.2  3.8  bbb
17 a1   9.1  1.2  ccc
18 a1   4.4  2.3  aaa
19 a1   8.8  7.8  bbb
20 a1  11.0  2.5  ccc
21 a1   7.0  9.4  bbb
22 b1   9.5  7.8  ddd
23 b1   7.6  4.5  ddd
24 b1  10.8  7.5  ddd
25 b1   5.6  4.5  ddd
26 b1   8.9 11.0  ddd
27 c1   8.1  7.0  fff
28 c1   7.5  9.3  fff
29 c1   3.1  6.0  ggg

然后我尝试更改颜色。 这就是我的问题开始的地方：

1.）首先，我想尝试彩虹渐变。 所以我换了

scale_color_brewer(palette="Set3") +

与

scale_colour_gradientn(colours=rainbow(4)) +

这给了我一个错误“离散值提供给连续刻度”。 这是什么意思？

2）接下来，我尝试使用定义固定颜色

scale_fill_manual(values=c("red", "blue", "green", "orange")) +

这将返回一个图，但没有定义的颜色。 它们看起来像默认值吗？ 为什么？

3.）最后，我尝试定义自己的渐变。 我希望它的范围从黄色到红色。 所以我用

scale_colour_gradientn(colours=c("yellow", "red")) +

再次导致错误：将离散值提供给连续刻度。

然后我放弃了。

有人可以启发我做错了什么吗？ 为何打色机起作用，而其余的却不起作用？

Answer 1

Alistaire已经回答了这个问题。 由于美学color已映射到一个factor变量，因此ggplot希望色标本质上是离散的（就像上面的＃2）。

所以试试这个：

library(ggplot2)
data = read.csv("test.csv")
data$type <- factor(data$type, levels=c("bbb","ccc","aaa","ddd"))
g = aes(x=alpha, y=beta, color=type, group=type)
p_test <- ggplot(subset(data, id %in% c("a1", "b1"))) +
  geom_point(g) +
  stat_ellipse(g) +
  geom_smooth(g, method=lm, se=FALSE) +
  expand_limits(x=c(1,11), y=c(1,11)) +
  xlab(expression(paste(italic(blah[p]), " in q ", r^-1))) +
  ylab(expression(paste(lambda, " in K ", l^-2*M^-3))) +
  ggtitle("blahblah") +
  theme(legend.justification=c(0,1), legend.position=c(0,1), legend.title=element_blank())


# These work fine
p_test + scale_color_manual(values = rainbow(4))
p_test + scale_color_manual(values = c("red", "blue", "green", "orange"))
p_test + scale_color_manual(values = RColorBrewer::brewer.pal(4, "Set3"))
p_test + scale_color_discrete(h = c(0,360), c = 100, l = 50)

# This wont work
p_test + scale_color_gradient(low = "blue", high = "red")

错误Error: Discrete value supplied to continuous scale表示色标本质上是连续的，而变量本质上是离散的（ factor ）。

希望这可以帮助...