[英]python: can i move a file based on part of the name to a folder with that name
我有一个包含大量文件的目录,我想根据文件名的一部分移入文件夹。 我的文件列表如下所示:
ID1_geneabc_species1.fa
ID1_genexy_species1.fa
ID2_geneabc_species1.fa
ID3_geneabc_species2.fa
ID3_genexy_species2.fa
ID4_genexy_species3.fa
我想根据文件名的最后一部分(species1,种类2,种类3)将拥有的文件移动到单独的文件夹中。 文件名的前半部分不一定总是具有相同的数字和/或字母,而是总是由3个部分组成,并用下划线“ _”分隔。
这是我从网上查看时尝试过的方法,但是它不起作用:
import os
import glob
dirs = glob.glob('*_*')
files = glob.glob('*.fa')
for file in files:
name = os.path.splitext(file)[0]
matchdir = next(x for x in dirs if name == x.rsplit('_')[0])
os.rename(file, os.path.join(matchdir, file))
我在以下脚本的列表中具有名称列表(species1,种类2,种类3),这些名称与文件名的第三部分相对应。 我可以使用这些名称在当前工作目录中创建一组目录。 在以下脚本之后是否有更好的方法来执行此操作,例如遍历物种列表,匹配文件,然后将其移至正确的目录? 谢谢。
from Bio import SeqIO
import os
import itertools
#to get a list of all the species in genbank file
all_species = []
for seq_record in SeqIO.parse("sequence.gb", "genbank"):
all_species.append(seq_record.annotations["organism"])
#get unique names and change from set to list
Unique_species = set(all_species)
Species = list(Unique_species)
#send to file
f = open('speciesnames.txt', 'w')
for names in Species:
f.write(names+'\n')
f.close()
print ('There are ' + str(int(len(Species))) + ' species.')
#make directory for each species
path = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
for item in itertools.product(Species):
os.makedirs(os.path.join(path, *item))
因此,您需要一个从文件中获取文件夹名称的函数。 然后,您遍历文件,创建不存在的目录并将文件移到那里。 这样的东西应该可以解决。
def get_dir_name(filename):
pos1 = filename.rfind('_')
pos2 = filename.find('.')
return filename[pos1+1:pos2]
for f in glob.glob('*.fa'):
cwd = os.getcwd()
dir_name = cwd+'/'+get_dir_name(f)
print dir_name
if not os.path.exists(dir_name):
os.mkdir(dir_name)
os.rename(f, dir_name+'/'+f)
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