R中的Cox比例风险模型和时间相关的Cox模型

Question

我有这个生存数据 ，描述了十年时间研究中三种类型的服务（轿车，餐厅和快递）的死亡率。

数据包含三个变量：服务类型（1 =轿车，2 =餐馆和3 =快捷），年（1到11的整数，其中11表示大于10年）和检查器。

我有两个问题：

1）我已经拟合了Cox比例风险模型，但是检查比例风险假设的方法是什么。 也就是说，我们假设每个人的危险比和基线危险与时间无关。

2）如何在R中拟合时间相关的Cox模型？

这是我的代码：

   #Cox Proportional Hazards
   cox <- coxph(Surv(Years, Censor) ~ data$`Service Type` )
   summary(cox)

Answer 1

pkg生存率中的cox.zph函数会检查比例。 请注意，将“服务类型”用作列名提供了编程麻烦，可以通过允许使用句点代替空格来轻松避免编程麻烦，这是read.table的默认操作：

data <- read.table(url("http://www.stat.ufl.edu/~winner/data/bizmort.dat"), col.names=c("Service Type","Years",  "Censor")
# Also note that the censoring indicatior is reversed so will use 1-Censor
require(survival)

cox <- coxph(Surv(Years, 1-Censor) ~ factor(Service.Type), data=data )
# The test fro proportionality:

> cox.zph(cox)
                         rho chisq     p
factor(Service.Type)2 0.0306  0.98 0.322
factor(Service.Type)3 0.0429  1.91 0.167
GLOBAL                    NA  2.33 0.312