我可以在控制分类变量的同时进行 ANOVA（除协变量外的 ANCOVA 是分类的）

Question

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我正在研究 3 种鱼之间的筑巢差异。 这些鱼在群落中筑巢（群落中的所有 3 种鱼都混合在一起），并在整个湖中的几个不同群落进行了测量。 我想看看三个物种之间的巢深度等连续变量如何变化。 殖民地之间的深度也有所不同，但我不在乎这种差异。 有没有一种方法可以调查物种间巢穴深度的差异，同时控制殖民地之间巢穴深度的潜在差异？ 谢谢！

Answer 1

ANOVA、ANCOVA等基本上都是基于回归模型的测试。 因此，如果您可以指定并拟合一个合适的回归 model，您就可以获得您所描述的内容。 在这种情况下，我猜我们正在谈论深度的线性回归（或者可能是 log(depth)，因为深度不可能是负数，对吧？虽然这也意味着相对深度差异，例如深 10% 而不是绝对差异，例如深 10 厘米），其中您允许每个菌落具有完全不同的深度（即，它是一个分类因素，我们将使用虚拟编码），然后也允许相对于菌落深度的物种。

在R语法中，它可能看起来像lm( depth ~ 0 + factor(colony) + factor(species))或lm( log_depth ~ 0 + factor(colony) + factor(species)) 。 我使用的语法假设您尚未在 dataframe 或 tibble 中声明菌落和物种是分类因素而不是数字数据，在这种情况下，您可以省略变量周围的factor() 。 0+只是意味着我不想要拦截，但如果你有拦截，你也可以得到任何你想要的比较。 几乎任何其他统计软件也应该能够适应这样的 model。 你会问每个物种离群落的深度有多少，你可能会争辩说你假设它在所有群落中总是相同的程度，或者至少你在要求一个答案，就好像情况就是这样（在控制菌落深度的同时进行平均是有意义的）。

然后，您可以查看不同物种的系数和/或要求进行比较（每个软件都有自己的方式来指定您想要的东西，例如使用emmeans R package，使用 Z2DB456C628CFB4B4B5 中的 LSMEANS 语句）。